“Отпевание, состоявшееся 24–го июня, — пишет один из участников, — началось в шесть часов вечера (час, назначенный вл. митрополитом Филаретом, только что перед тем прибывшим из Нью-Йорка) и закончилось, вследствие множества людей, прощавшихся с почившим Архипастырем, лишь в первом часу ночи. Возглавлял отпевание сам Первоиерарх митрополит Филарет в сослужении архиепископов Леонтия и Аверкия, епископов Саввы и Нектария, двадцати четырех священников и нескольких диаконов. Никто из участников этого поразительного по своей глубокой умилительности и возвышенного молитвенного настроения отпевания не забудет его. По признанию многих, им никогда не доводилось участвовать в таком подлинном духовном торжестве, настоящем духовном триумфе почившего. Несмотря на глубокую скорбь, вопль и рыдание бесчисленных почитателей владыки архиепископа Иоанна, над всем преобладало охватившее всех молящихся какое-то особенное радостное чувство, достигшее своего апогея во время троекратного обнесения гроба вокруг собора. Слышались толки: “Как будто это не похороны, а открытие святых мощей!” или: “Настроение, напоминающее крестный ход с плащаницей на утрени Великой субботы,” — говорили многие, выражая это свое необыкновенное настроение. Шесть дней лежал владыка Иоанн в открытом гробу и, несмотря на жаркую летнюю погоду, не ощущалось от него ни малейшего запаха тления, и рука его была мягкой, неокоченевшей. И это несмотря на то, что никаких манипуляций над его телом в похоронном бюро не производилось! Невольно вспоминались поэтому слова епископа Игнатия (Брянчанинова) в его “Размышлении о смерти”: “Видел ли кто тело праведника, оставленное душою? Нет от него зловония, не страшно приближение к нему: при погребении его печаль растворена какою-то непостижимою радостью”. Все это, по словам того же святителя Игнатия, есть верный признак, что “почивший обрел милость и благодать у Господа”” (“Православная Русь,” № 14, 1966).
“Явное нетление! — Писал позже митрополит Филарет, и добавил: — Но этого мало. Одна благочестивая женщина, достойная полного доверия, рассказала следующее. Владыка Иоанн, знавший ее двенадцать лет, часто навещал ее для духовной беседы. И вот, в мае этого года, когда Владыка по обычаю зашел ее навестить, он ошеломил ее словами: “Я скоро умру, в конце июня” (нового стиля Владыка не признавал), и — что еще поразительнее — сказал: “Умру не в Сан-Франциско, а в Сиэттле — туда приеду и там умру…” А другая набожная женщина рассказала о своем сне. Перед самой кончиной Владыки она видит сон. Видит себя стоящей в новом соборе; подходит Владыка, говорит ей: Идем,” — и ведет куда-то глубоко вниз, пока они не пришли в темную комнату в подземелье. Тут Владыка остановился и сказал: “Вот мой дом”. Она запомнила этот сон — и была потрясена, когда похоронная процессия опустилась вниз и внесла гроб в точно ту самую подвальную комнату — усыпальницу, которую Владыка показал ей во сне. Могу и от себя сказать, что в последний раз, когда Владыка был на заседании Синода, и я отслужил напутственный молебен ему, отъезжавшему со святым образом в Сан-Франциско, Владыка попрощался со мной совсем не по обычному. Вместо того, чтобы взять кропило и окропить себя, как делает архиерей, он, смиренно низко склонившись, попросил, чтобы я его окропил, после чего, вместо обычного взаимного целования рук, крепко взял мою руку, ее поцеловал и резко отдернул свою. Я погрозил ему пальцем, и мы оба улыбнулись. Тогда это у него вышло очень трогательно, но особого значения я не придал этому, а теперь мне думается, что он действительно прощался со мной — больше мы не виделись. Да упокоит Господь с праведными нашего великого молитвенника”.