Все это неизбежно должно было создать проблемы для Михаила VIII, когда в 1261 году он возродил Константинополь как столицу Византии. Местный патриотизм означал, что даже среди грекоговорящих не все были рады признать его новым Константином, и Михаил начал сталкиваться с теми же проявлениями отчуждения, которые так беспокоили Василия II. Ситуация осложнилась еще больше, когда Михаил расправился с Иоанном IV Ласкарисом. Вплоть до 1261 года он правил вместе с законным наследником престола, хотя Иоанн не вмешивался в дела политики. Но с возвращением Константинополя Михаил почувствовал себя достаточно уверенно для того, чтобы покончить с фиктивным совместным правлением. Через каких-то пять месяцев после своего триумфального возвращения в столицу Михаил послал в Никею тайное распоряжение ослепить 11-летнего Иоанна. А когда это было сделано, ребенка заточили в крепость на берегу Черного моря, где он оставался до конца дней своих. Несмотря на секретность, об этом злодеянии стало известно. Патриарх отлучил императора от церкви, а в приграничном районе близ Никеи вспыхнуло восстание. Пограничные военные поселенцы и местные крестьяне сплотились вокруг слепого мальчика, который называл себя Иоанном IV. Но восстание было недолговечным. Вскоре бунтовщиков окружила императорская армия, и они помогли своему предводителю ускользнуть за границу к туркам-сельджукам. Михаил же мудро решил не наказывать мятежников, поскольку они были из тех, на ком держалась оборона его границ.
На смену открытому восстанию пришло глухое недовольство, кипевшее в сердце бывших владений Ласкарисов. Вновь император превратился в далекую фигуру, которой от провинций нужны были лишь налоговые поступления и которая мало что могла дать взамен. В 1260-х и 1270-х годах византийская граница в Малой Азии снова стала подвергаться нападениям, и это вызвало усиление недовольства. Причем сельджукский султан в этих нападениях повинен не был. Их совершали другие тюркские народы, которые пришли на его территорию, спасаясь от монголов. Желая сделать их своими союзниками во внутренних противостояниях, которые постепенно раздирали султанат на части, султан даровал им земли на западных границах. Но по мере ослабления его власти наместники становились фактически независимыми правителями. И именно эти автономные эмиры стали совершать набеги на византийских соседей. Сначала это были лишь короткие вылазки ради того, чтобы украсть овец и крупный рогатый скот, но со временем вторжения сделались куда более серьезными. Озабоченный угрозой с Запада, Михаил оставил Малую Азию без войск и ресурсов, и жители региона все больше беспокоились о своей безопасности. Их тревога вылилась в массовую истерию во время любопытного инцидента, произошедшего в Никее в 1265 году.
Все случилось в обычное утро понедельника. Несомненно, жизнь в городе несколько изменилась с тех пор, как около четырех лет назад императорский двор покинул его, но жители, как и прежде, занимались своими повседневными делами. По какой-то необъяснимой причине по улицам вдруг пополз слух, будто передовой отряд монголов напал на охранников одних из ворот и изрубил их на куски. И теперь монголы едут в город, убивая всех, кто попадается им на пути. По мере распространения история обрастала новыми подробностями. Некоторые даже описывали ужасы, которые видели собственными глазами. Население охватила паника. Люди бросились по домам, в спешке толкая друг друга. Одни прятались в погребах, другие залезали в старые гробницы. Лишь немногие взялись за оружие и собрались вокруг городского главы, который повел их к восточным воротам, чтобы выяснить, что происходит. Охранники оказались целы и невредимы, они стояли на своем посту и не понимали, что происходит. Опасаясь, что враг прорвался через какие-то другие из четырех городских ворот, разномастное воинство обошло их все по очереди. Но и там все оказалось в порядке. Не было никаких монголов, и Никее ничто не угрожало.