Однако не все тревоги оказывались ложными. В отсутствие сопротивления турецкие набеги становились более дерзкими. В 1280 году войско под предводительством Ментеше Бея дошло до самой долины реки Меандр, плодородного региона, который во времена правления династии Ласкарис процветал. Тюрки окружили город Траллы, жители которого мужественно сопротивлялись, хотя страдали от голода и жажды. Но противник сумел разрушить оборонительные стены, и город был разграблен, а большая его часть сожжена дотла. В то время как все это происходило, сын Михаила VIII Андроник находился со своим войском на юге, в Нимфее. Предыдущей весной он прибыл в этот регион и объявил о намерении расширить и с размахом перестроить Траллы. Теперь же оказалось, что он не в состоянии даже защитить город. Видя неспособность константинопольской власти хоть как-то помочь им, некоторые жители полностью утратили веру в нее. Случалось, что они присоединялись к тюркам в их набегах и сами вели их к лучшим местам для нападения. Несомненно, Михаил VIII надеялся, что ему удастся выправить ситуацию после того, как он устранит угрозу с Запада, но этого так и не случилось.
Процесс отдаления провинций можно было бы остановить и повернуть вспять, будь у Михаила на это время и ресурсы. Однако изменить менталитет своих подданных он был не в силах. В период изгнания сформировалась новая византийская идентичность, противопоставляющая себя латинянам – и не только в языке и местном патриотизме. С этой идентичностью неразрывно слилась идея православия в противовес ереси латинян. Стараясь дискредитировать Латинскую империю, императоры и дворы в Никее и Эпире немало сделали для того, чтобы внедрить эту идею в умы. А теперь, когда Константинополь был возвращен, Михаилу предстояло выстроить новую парадигму безопасности.
Поскольку после 1261 года самые серьезные угрозы для Константинополя исходили с Запада, Михаил стремился обезвредить их, устранив предлог, которым латиняне имели обыкновение оправдывать нападки на христианскую Византию. В 1273 году император написал Папе послание, в котором выразил желание приложить все усилия к объединению церквей и преодолению раскола. Его предшественники уже совершали подобные попытки, но изъяснялись туманно и не давали никаких обещаний относительно папской власти и вероучения. Михаил же со свойственной ему целеустремленностью собрался разрешить эту тупиковую ситуацию одним махом. В июне 1274 года византийские посланники приехали во французский город Лион, где проходил собор западной церкви. Не вступая в какие-либо прения, прибывшие зачитали в соборе Святого Иоанна письмо от Михаила. В нем император соглашался на объединение церквей на условиях Папы. Письмо содержало официальное принятие формулы Филиокве и признание власти Римской церкви. Также в нем выражалось согласие с западной позицией по второстепенным вопросам, таким как учение о чистилище и употребление пресного хлеба при причащении. Затем прошла служба, во время которой священники из византийской делегации открыто использовали Филиокве, произнося символ веры, и не один раз, а целых три, просто чтобы быть уверенными, что их услышали. Когда делегация вернулась в Константинополь, церемония была проведена повторно в соборе Святой Софии в присутствии императора. Так Михаил положил конец затянувшимся разногласиям Византии с Западом. Папа сразу же отмежевался от всяких планов завоевания Константинополя и восстановления Латинской империи. Ведь такой захват больше не мог считаться законным, если византийцы были благочестивыми католиками, принадлежащими к Римской церкви.
Михаил должен был понимать, что его решение встретит в Константинополе сопротивление. Наверняка он помнил рассказы о мучениках-иконопочитателях, выступавших против императоров-иконоборцев. Но он, несомненно, надеялся, что ему удастся переждать бурю, как уже было после ослепления Иоанна IV. А буря была, и устроила ее, среди прочих, сестра Михаила Евлогия, которая дерзко заявила: «Пусть лучше будет погублена империя моего брата, чем чистота православной веры». Но больше всех усердствовали монахи, особенно афонские, которые громогласно называли унию впадением в ересь. Император не скупился на розги, чтобы обеспечить принятие унии. Ее противники были наказаны и брошены в заточение. Одному особенно непокорному монаху отрезали язык. Даже Евлогия была заключена в тюрьму, хотя позже ей удалось бежать в Болгарию. Все это не особенно отличалось от прочих теологических противоречий, веками разрывавших Византию. Однако было и нечто новое. Религиозные вопросы связались теперь с этнической идентичностью. Тех, кто поддержал политику императора, поносили не потому, что они стали католиками, а потому, что их воспринимали как предателей своего народа. Один из видных придворных Михаила, богослов Георгий Метохит, жаловался, что люди кричат ему вслед: «Ты стал франком!». Напрасно он протестовал, говорил, что он патриот и вовсе не сторонник иностранной державы. Прежний универсализм изжил себя и в вопросах религии.