Защита материальных интересов монастыря, содержание этих интересов в полном порядке часто доверялись основателем или императором знатным людям, которые могли быстро и эффективно использовать самые высокие сферы для того, чтобы в случае необходимости защитить интересы монастыря от требований налоговой администрации, разрешить спор с третьей стороной или внутри самого монастыря, чтобы восстановить дисциплину. Именно так главе императорской канцелярии был доверен основателем Лавры, монахом Афанасием, большой монастырь, который он построил на Афоне. Император Никифор Вотаниат в 1079 г. передал Ивер под покровительство логофета дрома, императрица Ирина Дука постановила, что после ее смерти ее монастырь Богородицы перейдет под патронат имперской принцессы. Монастырь Предтечи, недалеко от Серр, в Македонии, в XIV в. был доверен сначала Симониде, дочери Андроника II и жене короля Сербии, Уроша II Милутина, а затем великому доместику Иоанну Кантакузину, первому человеку в империи. Эти защитники монастырей (
Итогом экономического и административного развития некоторых византийских монастырей стало строительство настоящих монастырских объединений; существующий до сих пор Афон — наиболее известное из них. Объединением первых скитов там управлял прот («первый»), который, при помощи совета, мог быстро и успешно защищать автономию Святой Горы. Со временем скиты вошли в большие монастыри, по мере того как они расширялись, и совет Афона в маленькой столице Каресе, в котором были представители от каждого монастыря, становился все более и более значимым. Он мог созвать на собрания сто двадцать четыре монаха. Он получал ежегодный пенсион, выделявшийся императором, и распределял его между монастырями. Только он мог дать разрешение приобрести или построить что-либо на Афоне, независимо от ранга кандидата. Совет старался мирным путем урегулировать все споры, которых становилось больше с ростом монастырей (в XI в. в Лавре насчитывалось семьсот монахов). Он постоянно занимался защитой независимости Афона от светской администрации и церковной иерархии. В конце концов он пытался, по мере возможности, сохранить дух аскезы, утрачиваемый из-за требований материального управления многолюдными общинами. О других монастырских сообществах, намного менее известных, чем Афон, свидетельствуют письменные документы или сохранившиеся археологические находки. Это монастыри горы Латрос в Малой Азии, всего их двенадцать, сообщество Каппадокии и, наконец, монастыри Метеоры над долиной Пеней, в Фессалии.
Латинская оккупация большей части империи была периодом упадка греческих монастырей, и сократившиеся ресурсы империи, восстановившейся полвека спустя, очень сильно ограничили возможность создания новых императорских монастырей. Начиная с этого периода все значительные монастыри были основаны частными лицами (Св. Феодоры, Бронтохион, в Мистре, Св. Иоанна Предтечи в Меникее, в Македонии), даже если впоследствии греческие императоры и сербские или валашские князья и жаловали им какие-то дары и льготы. Так, в случае с Афоном, где в XIII, XIV и XV вв. появились новые строения (католикон, или главная церковь, Св. Павла, построен монастырь Пантократор, монастырь Дионисия, восстановлен Кутлумуш), были пышно отреставрированы уже существовавшие монастыри (Хиландар, Руссикон). Прот в XIII в. стал значительной личностью, ему уже не требовалась инвеститура ни от митрополита, ни от патриарха. Ситуация поменялась в 1312 г.: Андроник II решил подчинить прота константинопольскому патриарху, как и большинство монастырей империи, автономия которых часто приводила к беспорядку. Но в качестве компенсации прот Афона был поставлен выше, чем самые значительные представители церковной иерархии и получил абсолютную власть над монастырями Святой Горы, кроме Лавры, самой могущественной из них. Это было признание: некоторые патриархи, как это уже было сказано, и большая часть епископов были выходцами из афонских монастырей.
Восстановление иерархии произошло, когда власть игуменов и тех, кто исполнял монастырские службы, ослабла, им в помощь был назначен постоянно действующий совет, с которым они должны были консультироваться по всем вопросам монастырского управления. Именно тогда некоторые монастыри ввели правило «идиоритмия», позволявшее монахам жить в одиночестве, находясь внутри монастыря, не принимая участия в общих делах, кроме литургии и использования трапезной по большим праздникам. Но такой порядок появился только в XVI в. Со стороны же греческие монастыри в течение долгого времени напоминали большие сельскохозяйственные угодья.