Святой Кирилл всегда резко и решительно отвергал аполлинаризм. Против Аполлинария он высказывался и до того, как его стали подозревать и обвинять в аполлинаризме. Уже в толковании на Евангелие Иоанна он подчеркивает «целостность» человечества во Христе и наличность у Него «души разумной», как субъекта скорби и немощей человеческих. И здесь же он отвергает всякое смешение плоти и Божества и всякое претворение плоти в Божественную природу. Соединение Божества и человечества святой Кирилл всегда представляет «неслиянным» и «неизменным» Слово плоть бысть, — не через преложение или применение, не чрез смешение или слияние сущностей, о о… В своем знаменитом «втором письме» к Несторию святой Кирилл так исповедует: «Мы не говорим, что естество Слова, изменившись, стало плотью, ни того, что Оно преложилось в целого человека, состоящего из души и тела. Но говорим, что Слово, по ипоcтаcи соединив с Собою тело, одушевленное разумною душою, неизреченно и непостижимо для нашего ума, стало человеком, сделалось сыном человеческим, не волею одною и благоизволением, не восприятием только лица (или «роли»)… Это мы представляем не так, что в сем соединении уничтожилось различие естеств, но Божество и человечество в неизреченном и неизъяснимом соединении пребыли
Таким утверждением единства святой Кирилл разъясняет и защищает онтологическую действительность или «истинность» Воплощения. И руководится он при этом прежде всего сотериологическими мотивами. Святой Кирилл разъясняет и защищает истину опыта и веры, а не логическую схему, не богословскую теорию. И спорит он не столько против отдельных богословских формул. Напрасно его обвиняли, что он придирается к словам и не хочет понять, что и Несторий, и другие «восточные» мыслили право, но выражали свою веру на другом богословском языке. Он именно утверждал, что они мыслили неправо и во всяком случае неточно, что «восточный» образ представления мешает точному восприятию единства Богочеловеческого лица и жизни. «Восточная» тенденция к «различению» прежде всего казалось ему опасной, и упорство «восточных» только оправдывало его подозрения. Сам он не всегда находил и выбирал ясные и четкие слова, не всегда выражался осторожно и точно. В этом сказывается, что он ведет не столько богословский диспут, сколько прение о вере. Он исходит из созерцания, а не из понятий. В этом его сила. Именно сотериологическими мотивами всецело определяются по своему содержанию и его знаменитые «главы» или анафематизмы. На сотериологической почве ведет он их защищение против «восточных». В этом он верный продолжатель святого Афанасия.