Никогда Иоанн и слышать не хотел об этой непривлекательной подруге, данной ему вследствие чисто политических соображений. С первого шага он почувствовал к ней ужас и ненависть и дал ей это сразу понять. Немедленно принял он решение жить с ней в от-{394}дельных комнатах; он отправил Софью в отдаленную часть дворца, где она жила одиноко со своим маленьким итальянским двором, приехавшим вместе с ней на Восток; и не почитай юный царевич так сильно своего отца, императора Мануила, он, не колеблясь, отправил бы свою жену в Италию. По крайней мере, он без всяких стеснений утешался с другими: "Царь Иоанн, - говорит Франдзи, - не чувствовал к Софье ни любви, ни расположения, и в семье царил раздор. Император любил других женщин, так как природа отказала монархине во всякой красоте".
Гораздо хуже стало, когда в 1425 году умер император Мануил. С этих пор существование молодой женщины сделалось невыносимо, так что она прибегла к решительному шагу. "Царица, - рассказывает Дука, - видя, что император упорствует в своих чувствах относительно нее, решилась бежать из Константинополя. Вступив по этому поводу в сношения с галатскими генуэзцами и открыв им свое желание уехать, она в один прекрасный день вышла из города и, объявив, что хочет развлечься, отправилась в один из великолепных окрестных садов с женщинами, говорившими на ее языке, и несколькими оруженосцами, привезенными ею с собой из своей страны. Под вечер, снарядив корабль, старшины Галаты взошли на него и, приблизившись к берегу, с большим почетом приняли на корабль императрицу и переправили ее на другой берег; и все население Галаты вышло ей навстречу и почтительно ее приветствовало как свою госпожу и монархиню. Так как уже был вечер, жители столицы ничего не заподозрили, и только утром во дворце узнали печальную новость". При других обстоятельствах генуэзские торговцы, несомненно, дорого поплатились бы за такое дерзкое вмешательство; в первую минуту население столицы, придя в ярость, хотело не более не менее, как напасть на них и уничтожить их учреждения. Но император Иоанн был слишком доволен, что избавился таким способом от жены. Он утешил гнев народа и дал Софье беспрепятственно сесть на генуэзский корабль, плывший в Италию. От своего пребывания на Востоке она сохранила только императорский венец, стемму, украшающий голову цариц. "Этого мне достаточно, - говорила она с грустной иронией, - в доказательство того, что я была и остаюсь императрицей Римской. Что касается до богатств, которые я там оставила, мне нет до них никакого дела". Возвратившись в свою родную страну, она постриглась в монахини и, всецело предавшись Богу, окончила в монастыре свои печальные дни.