При всех этих искажениях церковь Бориса и Глеба в Кидекше занимает выдающееся место в истории древнерусского зодчества. Вместе с лучше сохранившимся и одновременно построенным Преображенским собором в Переславле-Залесском она является древнейшим памятником белокаменной владимиро-суздальской архитектуры. С этими памятниками связан и вопрос о создавших их мастерах. Их творческий почерк определяется прежде всего геометрической четкостью форм здания, точностью его контуров в плане и в вертикали. Во-вторых, это строители, владеющие техникой белокаменной кладки, не знакомой зодчим Поднепровья, откуда пришли мастера, создававшие собор Мономаха в Суздале, Так строили только в Галичской земле, мастера которой были близко знакомы с романской архитектурой соседних стран Запада. Связи Юрия Долгорукого с галичским княжеским домом укрепляют предположение о том, что на север пришли зодчие с берегов Днестра, заложившие здесь основы новой ветви архитектуры XII века, которая вскоре затмила зодчество самой Галичской Руси. На раннем этапе развития еще нет почти никаких проявлений интереса к романским архитектурным формам. Юрий Долгорукий был последовательным грекофилом. В храмах его времени не могли появиться новые, не связанные с византийско-русской традицией элементы. Считавшийся «романским» архитектурный поясок в действительности давно применялся русскими зодчими XI–XII веков Киева и Новгорода. Точно так же и порталы церкви в Кидекше схожи больше с подобными же уступчатыми простыми нишами, какие украшали уже древнейшие русские храмы.
Под хорами, одновременно с постройкой храма в 1152 году, были сделаны аркосолии, предназначенные для гробниц владельцев замка. Однако Юрий Долгорукий умер в Киеве, и княжеский городок на Нерли, видимо, перешел во владение его сына Бориса Юрьевича, который и был погребен здесь, а за ним — его жена Мария и дочь. Их гробницы и заняли аркосолии под хорами, где стоят и теперь. В семидесятых годах XVII века любознательный суздальский воевода Тимофей Савелов, заглянув в щель расколотой крышки княжеского саркофага, увидел, что на скелете превосходно сохранились остатки драгоценной одежды: «поверх лежит неведомо какая одежда шитая золотом … на ней же вышит золотом орел пластаной одноглавной, а от того орла пошло на двое шито золотом же и серебром узорами. .». Этот рассказ дает представление о тех драгоценных одеяниях с ткаными изображениями, которые были в числе «образцов», широко использованных владимирскими каменосечцами времени Всеволода III, «Пластаный», то есть с распростертыми крыльями орел встречается среди виденных нами рельефов Димитриевского собора. Тот же Тимофей Савелов отметил, что над гробницами князя и его жены «подобия их … на стенах шаровным строением (т. е красками) воображены». Его сообщение подтвердилось через 280 лет.
Видимо, построенный в 1152 году храм в течение тридцати-сорока лет оставался нерасписанным. Его интерьер был таким же суровым и строгим, как и его внешний облик. Только цветные пятна икон алтарной преграды горели в сумрачном белом пространстве храма. Открытые в 1947 году фрагменты фресковой росписи церкви принадлежат, как полагает ряд исследователей, восьмидесятым годам XII века. Весьма вероятно, что роспись была сделана по распоряжению Всеволода III, желавшего почтить храм отцовской усадьбы и память своей матери- гречанки, принцессы из рода Комнинов. Последняя и изображена в фреске аркосолия северной стены в роскошных императорских одеждах рядом с фигурой св. Марии, соименной погребенной здесь вдове князя Бориса Юрьевича — Марии. Монументальные фигуры в малиновокрасных одеждах четко рисуются на белом фоне в окружении пальм с красными плодами и деревьев с двумя павлинами, видимо, передающих райский сад. Очень интересно, что и стены на хорах, где во время богослужения находилась княжеская семья, были украшены исполненными в нежной розово-красной и фиолетовой гамме изображениями деревьев и птиц, то есть, видимо, того же рая, что являлось резким отходом от канонической системы росписи. Это влечение к цветистой орнаментике развилось в виденной нами росписи Суздальского собора XIII века. В алтарной апсиде раскопками открыт фресковый фриз из завес с желтыми складками и изображениями красно-коричневых семисвечников и деревьев и полукруглое каменное седалище для священников. Остальные фрагменты росписи расположены на южной и северной стенах около нового иконостаса. На северной стене особенно интересны орнаменты круглого медальона и граней лопатки (илл. 105). На южной уцелели части отдельных композиций, здесь хорошо видны фигуры двух всадников. По мнению одних исследователей, — это изображение Бориса и Глеба, но, вероятнее, что это фигуры скачущих волхвов (илл. 104). В росписи преобладают красновато-коричневые тона, определяющие ее сдержанную цветовую гамму.