В первом варианте собор имеет гипотетическую маленькую паперть с двускатной крышей; цилиндрический объем барабана начинается от верхних линий сводов креста и украшен арочным пояском; кровля - свинцовая на основном объеме и деревянная - над угловыми пристройками. Во втором варианте барабан поставлен на четырехгранное основание*, кровля - черепичная, а карниз барабана выполнен в виде небольшого зубчатого пояска **.
Суслов предложил также гипотезу о характере заполнения окон барабана, по аналогии с церковью Спаса-Нередицы, в виде досок с прорезанными в них кружками, куда вставлялась слюда. Гипотезы Суслов строит осторожно, каждый раз отмечая: «эти мнения следует проверить тщательным сравнением кладки и материала», или: «вопрос этот выяснится после расчистки живописи».
В дополнение к проекту был составлен план дальнейших исследований, предполагавший новые зондажи, вскрытие кровли, шурфы внутри здания (в поисках подвала) и снаружи, расчистку фресок и т. д. Работы по этому плану Суслов начал в 1889 году. В течение лета была снята наружная штукатурка, разобраны иконостас, престол и каменные полы, снят насыпной слой под полами.
Снятие штукатурки выявило серьезные разрушения кладки собора, вызванные временем и растеской проемов. В плохом состоянии были своды, основания пилонов. Необходимо было начать работы по укреплению здания; но в это время, в связи с переменой академического начальства, производство работ было передано правительством в ведение церковной администрации. Обвинив реставратора в том, что он «разрушает храм», духовенство решило прекратить исследования и реставрацию и произвести простой ремонт. С горечью пишет Суслов, что работы не были завершены «по причине крайне различных взглядов лиц, влиявших на ход дела». Неумелый ремонт не давал никаких гарантий «от дальнейших порчей и, может быть, от окончательного разрушения».
Древняя стенопись была обнаружена в соборе в 1850-х годах. Суслову принадлежит честь ее раскрытия и первого исследования.
Владимир Васильевич делает важный вывод, относящийся к истории храма: по его мнению, живопись Мирожского собора, «судя по характеру письма и типам святых, была сделана греческими мастерами, между тем как самое построение храма… принадлежит русским мастерам» *.
После расчистки фресок Археологическая комиссия, по предложению Суслова, обратилась к псковскому архиепископу с просьбой разрешить снятие калек и фотографий с фресок. Видимо, уже тогда встал вопрос о приведении стенописи в «благолепный» вид, потому что в этом же письме рекомендуется «оставить фрески в первоначальном их виде, лишь почистив их».