Были намечены и дальнейшие исследования. Во-первых, ученого заинтересовал дверной проем в северо-западном углу храма на уровне хоров; возникла гипотеза, что к стене храма некогда примыкала пристройка с лестницей, по которой поднимались на хоры, - следовало произвести раскоп в поисках фундамента пристройки **.
Проведенные В. В. Сусловым работы далеко не отвечали намеченному плану и свелись к ремонту стен, понижению уровня пола, к замене ветхого иконостаса * мраморной алтарной преградой, снятию остатков фресок и новой росписи храма**.
Е. В. Михайловский утверждает, что древняя роспись «была снята со стен как несоответствующая новому отреставрированному виду собора» [54]. Однако это не так. Фресковая живопись XII века сохранилась в средней западной части собора под хорами и представляла, как указано в отчете Суслова, «некоторые сюжеты из Страшного суда и отрывки орнаментальных украшений». Кроме того, сохранились остатки росписи в виде белых завес в алтарной абсиде. Вся остальная живопись была давно уничтожена вместе со штукатуркой; обнажилась каменная кладка стен. Фрески были в плохом состоянии: краски поблекли, погибли многие части изображений. Несмотря на это Суслов включил их сохранение в план реставрационных работ: фрески предполагалось оставить на месте.
Вопрос о снятии фресок возник в начале производства работ, когда обнаружилось, что они большей частью совершенно отстали от стены, а местами их рассекают трещины. Сохранить фрески было невозможно (метод укрепления отстающей штукатурки инъецированием разработан был много позже). Суслов предлагает снять фрески со стены и передать их на хранение в музей, сделав предварительно копии. Академик Г. И. Котов, командированный в Переславль Археологической комиссией, подтвердил правильность этого решения; так начался первый в России опыт снятия стенописи вместе со штукатуркой.