Споров вокруг будущего музея было много. Одни предлагали, как это было и в других сибирских городах, ограничиться открытием краеведческого музея, другие же, и их было большинство, настаивали на основании не просто музея, а научно-просветительского общества с широким кругом деятельности, которое могло бы осуществлять комплексные экспедиции по исследованию насущных для Дальнего Востока вопросов. Они доказывали: «...один музей не может достаточно ясно характеризовать край, потому что, кроме коллекций, образцов местной природы и производства, для ознакомления с ним необходимы и такие сведения, как статистика, метеорологические наблюдения, описания быта населения и много других; к тому же и самый музей требует постоянных попечений лиц, преданных делу, на обязанности которых лежала бы забота не только охранения, но и определения коллекций посредством сношения с другими учреждениями и лицами».
3 января 1884 г. в помещении Владивостокской прогимназии состоялось учредительное собрание. Уже после первых выступлений разгорелся спор о названии будущего Общества. Одни предлагали учредить Амурский отдел Императорского Русского географического общества. Но многие возражали: «Сумеем ли мы удовлетворить требованиям такого авторитетного общества, как географическое?» Голосование окончательно подвело итог дискуссиям, было решено учредить во Владивостоке Общество изучения Амурского края. О его задачах говорила первая статья Устава: «Общество имеет целью всестороннее изучение р. Амура, русского побережья Восточного океана и сопредельных местностей и ознакомление с ним посредством собрания коллекций и разных сведений по всем отраслям естествознания, географии, этнографии и археологии и научной разработки собранных материалов, равно посредством составления библиотеки из сочинения об указанном крае, не ограничиваясь какой-либо специальностью». Как бы ни выглядели самоуверенно учредители нового Общества, замахиваясь на всестороннее изучение необъятного Дальневосточного края, в дальнейшем жизнь показала, что они блестяще справились с этой задачей, хотя профессиональных ученых среди них не было.
18 марта 1884 г. Устав был окончательно утвержден на общем собрании, а в начале апреля за подписью 45 учредителей он был представлен на утверждение военному губернатору Владивостока. Через месяц, 18 апреля, контр-адмирал А. Ф. Фельдгаузен красивым росчерком пера утвердил устав, сделав этот день датой рождения Общества изучения Амурского края, а 24 апреля собрали общее собрание. В тот же день был избран распорядительный комитет, председателем которого стал Ф. Ф. Буссе, секретарем И. А. Бушуев, а членами — князь А. А. Кропоткин, И. И. Манцевич, В. П. Маргаритов, А. Ф. Гриневецкий, А. М. Устинов и известный предприниматель М. Г. Шевелев. В. П. Маргаритов стал и первым директором музея, библиотеки и архива, а А.М. Устинов — казначеем Общества. За неимением собственного помещения первое научное учреждение Дальнего Востока разместилось в здании прогимназии, где ему была выделена комната. Тем самым было положено начало разнообразнейшим по широте и исключительно важным по значению научным исследованиям и практическим разработкам в Приморском крае.
Распорядительный комитет решил как можно шире оповещать жителей края о своих делах, пользуясь предложением редактора газеты «Владивосток» Соллогуба на ее страницах рассказывать обо всем, что происходит в новом обществе. Сразу же были отправлены информационные письма во многие научные и общественные организации. Молено только удивиться тому, как быстро члены комитета смогли оформить организационные дела — ведь все они помимо общественной работы занимали ответственные посты.
Девизом всех членов Общества — а среди них было немало крупных предпринимателей, известных исследователей, — был бескорыстный труд. В 1884 г. землевладелец М. И. Янковский подарил музею собранную им коллекцию бабочек и других насекомых. Известный предприниматель Бринер отправил учителя прогимназии и директора музея В. П. Маргаритова на свои деньги в первую археологическую экспедицию. Подполковник Надаров прочитал в Обществе пять лекций о своих исследованиях Приморья и об экономическом развитии края. Генерал-губернатор Восточной Сибири Д. Г. Анучин не остался в стороне от интересного начинания и отправил Обществу изучения Амурского края 500 рублей, а на полки библиотеки встали «Сборники официальных документов по управлению Восточной Сибирью». Первым научным обществом, которое начало обмен с владивостокскими энтузиастами, стало Московское общество любителей естествознания, антропологии и этнографии.
Исходя из своего большого опыта, Буссе считал, что Обществу не обойтись без издания собственных трудов. В первый же год были изданы на средства автора работы И.П. Надарова, а также отчет ОИАК за 1884 г. Вскоре из Петербурга прибыл литографический станок, который установили прямо на квартире Буссе. Теперь Общество получило возможность быстро печатать результаты исследований и другие материалы.