Сенсационные новости требовали серьезного обдумывания. Нельзя сказать, что отказ Алмейды санкционировать его действия поставил Албукерки в серьезное положение командира, превысившего свои полномочия. Его действия были разрешены самим королем. Но открытый отказ вице-короля ослабил его позиции у султана, дал понять, что на поддержку из Индии рассчитывать не стоит, причем именно тогда, когда она была больше всего необходима. Он задумался и о более важной проблеме. Когда Албукерки отплыл из Лиссабона, король Мануэл тайно передал ему назначение на должность преемника Алмейды, когда истечет четырехлетний срок пребывания вице-короля в должности. Об этом не знал никто, кроме португальского короля и Албукерки. Четыре года подошли к концу, и Албукерки был вынужден признать, что положению его страны на Востоке угрожает присутствие мощного вражеского флота, причем именно тогда, когда с точки зрения закона на него легла ответственность за все. Дела в Ормузе отошли на второй план. Все указывало на необходимость срочного ухода к Малабарскому берегу, чтобы взять на себя контроль над ситуацией. Некоторая задержка была вызвана необходимостью дождаться окончания зимних муссонов и была использована для того, чтобы вернуть султана Ормуза в подчиненное положение.
Со сменой муссонов Албукерки немедленно вышел в море, но только на своем корабле, отправив четыре корабля, остававшиеся с ним, на Сокотру, чтобы защищать остров от возможного нападения флота Хуссейна. Его переход был достаточно рискованным, поскольку по пути было необходимо пройти Диу, где и находился флот Красного моря. Но Хуссейн, знавший о присутствии Албукерки в Ормузе, сначала не получил информации о его отплытии, а потом уже было слишком поздно пытаться его перехватить, что, он несомненно, попытался бы сделать. Поэтому Албукерки прибыл в Кочин без происшествий. Здесь он столкнулся с неожиданным приемом. Как и многие люди, имеющие твердое мнение по важным вопросам, вице-король считал людей, имеющих другое мнение, едва ли не своими личными врагами. И когда Албукерки предъявил ему приказ о своем назначении, Алмейда наотрез отказался передать должность, мотивируя это вредом политики Албукерки для национальных интересов. Было весьма рискованно не подчиняться указаниям суверена, однако Алмейда никогда не боялся ответственности за свои поступки и никогда не прибегал к полумерам. Поэтому, когда его блестящий соперник выразил протест, он просто запер его в форте Каннанура. Такому решению вице-короля Албукерки не мог сопротивляться. Его поддерживали только офицеры и матросы его флагманского корабля, а в распоряжении Алмейды были команды четырех судов, дезертировавших с Ормуза, капитаны которых опасались возвышения Албукерки из-за возможных негативных последствий для себя. Однако адмирал принял ситуацию, которую он не мог изменить, с философским спокойствием, уверенный, что рано или поздно она разрешится в его пользу. Долго ждать ему не пришлось.
А пока вице-король тратил много времени и энергии на решение других важнейших вопросов. Флот Красного моря не напал, как ожидалось, на португальские поселения Малабарского берега, но и не ушел дальше Диу. То есть он все еще находился у индийских берегов, и уже одним только своим присутствием создавал угрозу. Местные правители западной части Индостана с тревогой наблюдали за ним, чтобы вовремя понять, в каком направлении выгоднее всего направить свою будущую политику. Симпатии мусульман, естественно, были с Хуссейном, но индусы хотя и втайне, но все же предпочитали португальцев. При таком положении дел задержка атаки обычно приписывается страху, и, понимая это, Алмейда решил, что, если Хуссейн не собирается напасть на него, значит, он сам нападет на Хуссейна. Ему только пришлось дождаться очередного прибытия судов из дома. Когда долгожданные суда прибыли, Алмейда сам принял над ними командование, и действовал с большим мастерством. Возможно, именно жажда славы, непременной спутницы важной победы, повлияла на его решение арестовать Албукерки, который, как было хорошо известно, тоже страстно желал схватиться с Хуссейном. И к тому же Алмейда рвался отомстить за гибель сына, лично нанеся удар. Когда окончание сезона летних муссонов позволило ему начать операцию, Алмейда вышел в море на девятнадцати судах и после захода по пути на рейд порта Дабул ясным осенним утром подошел к Диу.