В карьере любого политика есть взлеты и падения, не избежал их и Джон Черчилль. В январе 1692 г. он был внезапно смещен королем со всех своих назначений и постов. Затем последовали арест и заключение в Тауэр. Позже многие современники и за ними английские историки говорили о «неисторическом характере обвинений против Мальборо», имея в виду прежде всего то, что к такому обороту событий привели амбиции его жены. Конечно, связи герцогини Мальборо с принцессой Анной Стюарт сыграли здесь свою роль. Но главная причина опалы заключалась не в этом.
Тогда в английском парламенте шла непрерывная борьба между вигами и тори по вопросу о престолонаследии. Виги единодушно утверждали, что для наследников Якова II возвращение на английский трон исключено. А многие тори единственное конституционное решение проблемы видели в объявлении Вильгельма Оранского регентом при отсутствующем в стране Якове II. Они считали, что наследовать престол имеют право только дети этого короля. Из-за этого часть тори получила прозвище «якобиты».
Якобиты отказались принять новый режим, но Мальборо их серьезно не воспринимал. Тем не менее он был замечен в связях с тори-«якобитами» (крайними) и поддержал требования умеренных тори прекратить назначение голландцев на командные посты в армии в Европе. Вильгельм III усмотрел в действиях своего командующего тайный заговор, который при случае может привести к дворцовому перевороту. Мальборо считали причастным к интригам его жены Сары в окружении принцессы Анны, сочувствовавшей изгнанному королю. Вильгельм Оранский потребовал от герцогини отказаться от службы у Анны.
Опала длилась целых три года, вплоть до смерти бездетной королевы Марии, жены Вильгельма III. Затем последовало примирение между Вильгельмом и Анной Стюарт, возможной наследницей престола. Сыграло свою роль и то, что в 1694 г. в Девятилетней войне Англию преследовали военные неудачи. Вполне возможно, что Вильгельм не раз сожалел о том, что сам себя лишил самого талантливого военачальника. В 1695 г. репутация Мальборо была восстановлена, но прошло еще три года, прежде чем тучи, сгустившиеся над ним в 1692 г., окончательно разошлись.
В годы Девятилетней войны (1689–1697) в Англии стали чрезвычайно популярными антикатолические и антифранцузские настроения. Политические принципы вигов также получили большое распространение в обществе. Неудивительно поэтому, что разница между двумя английскими политическими партиями смягчилась, стала не такой резкой. Большинство умеренных тори стали поддерживать политику короны достаточно активно.
В 1698 г. Мальборо был назначен воспитателем младшего сына принцессы Анны герцога Глостера с ежегодным доходом в 3200 фунтов стерлингов. Его сын возглавил кавалерию при молодом герцоге с доходом 500 фунтов стерлингов, а брат Джордж получил пост в Адмиралтействе и 1000 фунтов стерлингов в год. Таким образом, семья герцога Мальборо неплохо поправила свое материальное положение, пошатнувшееся в годы опалы.
Большое значение в дальнейшей карьере Мальборо имело его восстановление в Тайном совете в том же 1698 г. Годы опалы ничуть не поколебали честолюбия и не уничтожили чувства собственного достоинства и амбиций в этом человеке. Он только заметно поседел — переживания личного порядка, беспокойство за судьбу семьи немало его тревожили. Впрочем, седые волосы хорошо скрывал парик. Мальборо по-прежнему слыл интриганом и весьма эффектно выступал в палате лордов. Его друзья-министры — герцог Глостер, лорд Годолфин, граф Джерси — были видными тори и имели большое влияние в королевстве. Перед Мальборо вновь открывалась блестящая перспектива светской карьеры. Важную роль в его жизни сыграла дружба с Сиднеем, первым графом Годолфином. Годолфин и Мальборо дружили с детских лет, но особенно сблизились при дворе Якова II, чему немало способствовали политические причины. Их связывали не только товарищеские, но и семейные узы — сын Мальборо был женат на дочери Годолфина.
После смерти своего воспитанника герцога Глостера 30 июля 1700 г. Мальборо был назначен чрезвычайным и полномочным послом короля в Соединенных Провинциях и одновременно командующим английскими силами на континенте. При этом герцог сохранил свое место в Тайном совете, влияние на короля и авторитет среди тори. В октябре 1701 г. Вильгельм III поручил Годолфину и государственному секретарю Роберту Харли сформировать новое министерство. Годолфин вернулся на своей пост лорда-канцлера. Мальборо, Годолфин, Харли, граф Рочестер, который получил лорд-лейтенантство в Ирландии, сейчас, в годы надвигавшейся войны за испанское наследство, стали главными фигурами в этом правительстве.