Смерть Марии, последовавшая 17 ноября 1558 г., как бы подводила черту под историей англо-испанского союза 1554–1558 гг. Филипп II опасался, что на Елизавету повлияют советники, которых он подозревал в ереси, и она не будет выполнять его волю в религиозных вопросах. Испанский король не хотел мириться с потерей Англии. Так как Елизавета была незамужней, то встал вопрос об ее избраннике. Испанский посол граф де Ферия писал из Лондона Филиппу II уже 21 ноября 1558 г., что посланники многих государей считают: если Елизавета выберет мужа вне Англии, то ее выбор падет на испанского короля Граф де Ферия был типичным испанским грандом, гордым, заносчивым и лишенным чувства юмора. Поначалу Елизавета в беседах с ним была милостива, даже намекала на благополучное для Филиппа II решение вопроса о браке. Не желая давать прямого отказа, королева говорила послу, что она должна посоветоваться с парламентом о предложении испанского короля, и добавляла, что он может быть уверен: если она решит выйти замуж, то отдаст предпочтение Филиппу П. Но когда де Ферия стал чрезмерно настойчивым и начал требовать, чтобы английская королева вышла замуж только за его господина, Елизавета дала ему ясный и недвусмысленный отказ, заявив, что, будучи протестанткой, она не может выйти замуж за короля-католика и что она восстановит религию своего отца, хотя и не собирается, подобно ему, принимать титул верховного главы церкви. Получив такой ответ де Ферия в ярости написал Филиппу II, чтобы тот убедил римского папу объявить Елизавету еретичкой и лишить ее трона.
Елизавета не стала торопиться с восстановлением англиканства, пока в парламенте не были созданы благоприятные условия для принятия протестантского молитвенника (требника). Королеве пришлось прибегнуть к политике лавирования между католиками и протестантами. В итоге 7 декабря 1558 г. была объявлена королевская прокламация, восстанавливавшая чтение Евангелия на английском языке в церквах. 25 сентября 1559 г. лорд-хранитель королевской печати сэр Николас Бэкон (отец знаменитого философа Фрэнсиса Бэкона) в своей речи в парламенте объявил, что Елизавета намерена с целью «установления согласия и спокойствия в королевстве привести весь народ к единой религии». Чуть позже духовенству были сделаны указания, по сути своей восстанавливающие англиканский символ веры. Ответом папской курии явилась булла Пия IV, находившегося под влиянием иезуитов, в которой он убеждал Елизавету отказаться от проводимой ею церковной политики.
Английская королева намеренно не делала слишком решительных заявлений в религиозных вопросах, ибо прежде ей было необходимо очистить парламент И правительственные учреждения от сторонников Марии. Однако королева не собиралась идти на уступки и возвратившимся из эмиграции протестантам, часть которых глубоко прониклась кальвинистскими идеями и требовала немедленного углубления Реформации. Но наиболее решительного из них, Джона Нокса, она все-таки поддержала, так как, уехав в свою родную Шотландию, он стал там идейным вождем протестантов, решительно выступавших против Марии Стюарт и тем самым игравших на руку английской королеве.
Состоявшаяся 15 января 1559 г. коронация Елизаветы была совершена по римско-католическому обряду: королева дала присягу по традиционной формуле, включавшей обещание охранять католическую церковь. Но тут же она поцеловала Библию на английском языке, преподнесенную ей корпорацией Сити, и заявила, что для нее это лучший подарок. В этом поступке Елизаветы, как в капле воды, отразилась вся ее последующая религиозная политика, в которой сочетались как лавирование между протестантами и католиками, так и сохранение в неизменном виде англиканства.
Эта же тактика маневрирования использовалась и на международной арене. Между сентябрем 1563 г. и декабрем 1565 г. шла инспирированная Елизаветой тайная переписка между английским двором и папой Пием IV, посредниками в которой выступали папский дипломат Гуроне Бертано и натурализовавшийся в Англии итальянец Антонио Брушетто (Энтони Брискет). Папская курия начала эти переговоры, рассчитывая на то, что Елизавета выйдет замуж за одного из придворных, графа Лестера, который был католиком. Главной целью было возвращение английской королевы в лоно католической церкви. Но Елизавета и ее первый министр сэр Уильям Сесиль использовали эти переговоры, чтобы отсрочить грозившее английской королеве отлучение от римско-католической церкви и создание коалиции католических держав против Англии. В декабре 1565 г. Пий IV умер, и переговоры прекратились. Но Елизавета выиграла время, которое было ей необходимо для укрепления независимой протестантской Англии.