Вся политическая деятельность Генриха IV была направлена на укрепление национального суверенитета Франции и в то же время на достижение внутреннего мира и экономической стабильности, в чем и заключались причины симпатий французского народа к своему королю. Истоки политики Генриха IV восходят к событиям, происшедшим во Франции еще на первых этапах религиозных войн между католиками и протестантами-гугенотами. В сущности, это была борьба двух крупных дворянских партий Севера и Юга Франции за обладание политической властью в стране. Это соперничество делало весьма сложным положение королевского двора, где у власти фактически находилась вдова Генриха II Екатерина Медичи, будущая вдохновительница Варфоломеевской ночи, не желавшая усиления ни той, ни другой партии и стремившаяся главным образом к сохранению королевского престола за своими четырьмя сыновьями. Происходившая из рода флорентийских банкиров и приходившаяся племянницей папе Клименту VII, Екатерина Медичи выросла в атмосфере интриг и была виртуозом в закулисной борьбе. Она не понимала национальных интересов Франции и преследовала исключительно династические цели. После смерти Антуана Бурбона главой протестантской партии стал его наследник, тогда еще совсем юный король Наварры Генрих Бурбон. Дабы примирить враждующие группировки, было намечено заключить брак Генриха и Маргариты, дочери Екатерины Медичи и Генриха II. Существовал и другой вариант, правда, маловероятный: женитьба Генриха Бурбона на английской королеве Елизавете, но это было бы открытым объявлением войны католической Европе, и, кроме того, Елизавета вообще не собиралась выходить замуж. В этой ситуации главный советник Генриха Бурбона адмирал Гаспар де Колиньи предложил королю заключить брак с Маргаритой Валуа.
У Колиньи были свои далеко идущие политические планы. Религиозный конфликт во Франции стал к тому времени важным фактором европейской политики. Католическая партия, возглавлявшаяся герцогами Гизами, рассчитывала на поддержку испанских Габсбургов, а гугеноты — Англии и восставших против испанского владычества Нидерландов, а также протестантских княжеств Германии и королей протестантских государств Швеции и Дании. В основе замысла Колиньи лежало усиление антииспанской направленности внешней политики Франции. Колиньи предлагал сформировать союз в составе Франции, Англии и протестантских княжеств Германии. В его намерения входило также присоединение Нидерландов к Франции. Осуществление этой программы на практике привело бы к созданию федерации, в которой экономически развитые Нидерланды играли бы слишком большую роль, что не соответствовало интересам значительной части французских дворян и буржуазии. Антикатолическая программа адмирала была направлена, по сути, не только против Испании, но и против королевского двора, духовенства и Парижа и вела к преобладанию протестантизма над католицизмом. Поэтому против нее выступили двор и католический Париж, что и стало главной причиной Варфоломеевской ночи. В августе 1572 г. состоялась свадьба Генриха Наваррского и Маргариты Валуа, сестры короля Карла IX. Это было невиданное событие — католическая принцесса выходила замуж за лидера гугенотов. Многие из сторонников Генриха съехались в Париж, чтобы присутствовать на торжестве.
Этот брак знаменовал собой заключение очередного перемирия между гугенотами и католической партией в 1570 г., когда появился «эдикт примирения» Карла IX. Гугеноты получили свободу вероисповедания, и им были переданы четыре крепости на юго-западе Франции. Адмирал Колиньи стал советником при Карле IX. Брак Генриха и Маргариты должен был закрепить достигнутое соглашение, но он не оправдал этих надежд. Отношения королевского двора с гугенотами снова обострились, и, боясь потерять поддержку Гизов, возглавлявших католиков и имевших влияние даже большее, чем корона, Карл IX решил покончить с гугенотами одним ударом.
В канун праздника святого Варфоломея (24 августа 1572 г.) в Париже началось массовое избиение протестантов (их дома заранее отметили особым знаком — белым крестом). Гаспар де Колиньи был убит в числе первых. Сам Генрих Наваррский остался в живых лишь потому, что согласился стать католиком.
Ранее, в детском возрасте, когда его отец Антуан Бурбон перешел на службу к французскому королю и принял католицизм, маленький Генрих воспитывался как католик. Но после смерти отца мать снова обратила мальчика в кальвинистскую веру, в которой он и был рожден. Вероятно, эти события способствовали тому, что в зрелом возрасте король Наваррский стал с полным безразличием относиться к религии. И теперь, находясь перед выбором — потерять жизнь или сменить вероисповедание, — Генрих Бурбон выбрал второе.
События в Париже послужили сигналом для расправ с гугенотами по всей стране. Приблизительно в течение двух недель происходили погромы и убийства. Число жертв достигло несколько тысяч человек.