Магическое влияние Бонапарта на солдат, большинство которых одерживало с ним победы в Италии, восстановило их мужество, и французская беспечность снова одержала верх над унынием. Тем не менее удар попал в цель и отразился в четырех частях света. Мамелюки, Ибрагим-бей в Сирии и Мурад-бей в Верхнем Египте, подавленные нанесенными им поражениями, готовились уже вести с Францией переговоры о мире; по получении же известий о победе Нельсона они снова взялись за оружие. Порта, раздраженная вторжением французов в Египет, но все еще колебавшаяся, несмотря на давление, оказывавшееся на нее посланниками Великобритании и России, ободрилась, как только узнала, что французский флот более не существует. Бонапарт был прав, предупреждая Брюэса о том, что сохранение его кораблей необходимо для удержания Турции от неприязненных действий. Султан и его египетские и сирийские паши отвергли теперь сделанные французами предложения. 2 сентября всем иностранным посланникам в Константинополе был разослан меморандум, в котором выражалось удивление Порты по поводу высадки Бонапарта и объявлялось, что в Египет посланы значительные силы для воспрепятствования дальнейшему его движению. 11-го числа этого месяца Французской республике была формально объявлена война.
В течение всего 1798 года положение дел на континенте Европы принимало все более и более угрожающий характер. Военно-политическая пропаганда революции породила заменившую ее теперь агрессивную внешнюю политику, которой победы Бонапарта придавали все возраставшую энергию. Эта политика задалась явной, чтобы не сказать открыто объявленной, целью окружить Францию небольшими зависимыми от нее республиками с правительственной организацией по образцу французской, но при условии, чтобы местные власти были подчинены центральному правительству. Соединенные Провинции, сделавшись республикой, сохранили свое прежнее федеральное устройство, но в январе 1798 года там под влиянием агитации со стороны французской Директории произошла революция, вследствие которой пропала независимость Провинций, унаследованная от прошлых веков. Цизальпинская республика и Генуя получили подобную же организацию «из рук» Бонапарта. Во многих кантонах Швейцарии проявлялось недовольство и происходили беспорядки, вследствие неравных политических условий, в которые были поставлены жители. Директория воспользовалась этим для вмешательства под тем предлогом, что Франция заинтересована и во внутреннем спокойствии соседней страны, и в судьбе отдельных лиц, недовольство которых должна принять за доказательство испытываемого ими притеснения. Французские войска вступили в Швейцарию в январе 1798 года. Бернский кантон пытался отстоять оружием свои привилегии, но был легко покорен. Собравшийся в Аррау конвент, члены которого были утверждены Директорией, установил для Швейцарии централизованную конституцию взамен прежней политической организации, обеспечивавшей независимость каждого кантона. Через несколько месяцев после этого, в августе 1798 года, последовало заключение оборонительного и наступательного союза между Французской и Гельветической республиками.
Вмешательство Франции в дела Швейцарии имело еще и другую цель, кроме желания приобрести политическое преобладание в правительственных учреждениях соседей. Доходы Директории все еще далеко не могли покрыть ее расходы, а деньги были настоятельно нужны для предстоявшей тогда экспедиции Бонапарта. В Бернском казначействе было найдено и присвоено французами семнадцать миллионов франков; к ним присоединены были еще восемнадцать миллионов, добытых посредством реквизиций. И другие кантоны были «ограблены» пропорционально тому, что могли дать. В то же самое время и та же причина послужила основанием к оккупации Рима, для чего был подыскан более подходящий предлог. В папских государствах, как и в других местах по всей Европе, французские агенты тайно агитировали в пользу революционного движения. 28 декабря 1797 года партия приверженцев этого движения восстала в Риме, и между нею и папскими войсками произошло столкновение близ здания французского посольства. Живший тогда там генерал Дюфо был убит при попытке успокоить сражавшихся. Французский посол немедленно покинул город, и Директория, отказавшись принять какие-либо объяснения, приказала Бертье, заместителю Бонапарта в Италии, двинуться к Риму. 10 февраля он вступил в город, признал существование Римской республики, провозглашенной под его влиянием, и принудил папу удалиться в Тоскану. Именно благодаря этой оккупации часть войск, предназначенных для Египетской экспедиции, и была посажена на суда в Чивитавеккье, как пункте наиболее удобном.