Весной 1929-го, после разгрома китайской полицией советского консульства в Харбине, отозван в Москву и направлен в Турцию на должность легального резидента в Стамбуле под прикрытием атташе консульства СССР Леонида Александровича Наумова. Резидентура ОГПУ в Турции не работала против страны пребывания, а сосредоточила усилия на добывании информации в иностранных посольствах в Константинополе. Большое количество секретных документов добывалось в японском, французском и австрийском посольствах: С середины 1928-го в Стамбуле существовала нелегальная резидентура, работавшая по всему Ближневосточному региону. Во главе ее сначала был
В июне 1930-го Агабеков бежал на Запад. Опасаясь провала, Центр в срочном порядке отозвал Эйтингона в Москву.
По возвращении в Центр Эйтингон, сделавший псевдоним «Леонид Александрович Наумов» своим именем, был назначен заместителем у
В период работы в ОГ Эйтингон несколько раз выезжал за рубеж, в том числе в Калифорнию, где руководил созданием там глубоко законспирированной нелегальной агентурной сети. Однако сработаться с «Яшей» Эйтингону не удалось, и в 1931-м он перешел на должность начальника 8-го отделения ИНО ОГПУ и в скором времени командирован во Францию, а затем в Бельгию. По возвращении в Москву, с марта 1933-го нач. 1-го отделения (нелегальная разведка) ИНО, и во второй половине 1933 вновь направлен за рубеж для работы в нелегальных резидентурах в США.
В 1936-м, после начала Гражданской войны в Испании, Наумов-Эйтингон под именем Леонида Александровича Котова направлен в Мадрид в качестве заместителя
После побега на Запад «Шведа» в июле 1938-го «Котов» возглавил резидентуру. Центр поручил ему восстановить связь с одним из членов «Кембриджской пятерки» Гаем
После поражения республиканцев в 1939-м Эйтингон руководил эвакуацией советских специалистов и добровольцев из Испании в СССР, затем перебрался во Францию, где в течение нескольких месяцев реорганизовывал и восстанавливал остатки испанской агентурной сети НКВД. В Париже Л. А. Эйтингон («Пьер») наладил работу с «Медхен», который в марте 1939 был передан на связь легальному резиденту НКВД в Лондоне
Еще в 1937–1938-м И. В. Сталин принял решение положить конец международному троцкистскому движению путем физического устранения его лидера — Л. Д. Троцкого («Старика»), однако целый ряд попыток внедриться в его окружение и осуществить указание вождя по различным причинам не увенчался успехом. В марте 1939-го Генсек вернулся к проблеме «Старика», перебравшегося к тому времени в Мексику.
Общее руководство операцией, получившей кодовое наименование «Утка», было поручено
Первая попытка ликвидировать «Старика», предпринятая 20.05.40 во время нападения на его виллу в Койоакане группы боевиков во главе с известным художником Давидом Сикейросом, закончилась неудачей. Тогда был приведен в действие второй вариант, где главная роль отводилась молодому испанскому коммунисту Рамону
Меркадеру (по легенде — бельгийскому журналисту Жаку Морнару) удалось войти в ближайшее окружение Троцкого. 20.08.40 Меркадер, находясь в кабинете Троцкого, нанес ему удар ледорубом по голове. На следующий день «Старик» скончался. Сам Меркадер был задержан охраной и арестован. Эйтингону и матери Рамона — Каридад Меркадер удалось покинуть Мексику.
После успешного завершения операции через Кубу, Китай, Дальний Восток весной 1941-го Эйтингон вернулся в Москву. В мае 1941-го он был назначен заместителем начальника 1-го Управления НКГБ СССР.
17.06.41 закрытым Указом Президента ВС СССР от 17.06.41 Эйтингон был награжден орденом Ленина. Во время торжественного вручения ордена Председатель ПВС СССР М. И. Калинин сказал:
«Что бы ни случилось — помни: Советская власть позаботится о тебе и твоей семье.».