После 12-летней службы в ОМСДОНе его как опытного, хорошо подготовленного, с высшим образованием офицера, наконец, переводят в управление боевой подготовки Главного управления внутренних войск (1988), через некоторое время назначают старшим офицером в управлении оперативных и специальных моторизованных частей ГУВВ. Наступила пора более быстрых перемен в служебной карьере полковника В. В. Овчинникова. Если за 20 лет предыдущей службы во внутренних войсках было всего 12 перемещений, то почти столько же (а точнее 14) их пришлось на последующие 10 лет.
Правда, служба складывалась таким образом, что Овчинникову не довелось командовать дивизией. Но это не помешало его успешному продвижению по служебной лестнице. Он окончил Высшие оборонные курсы при Академии Генерального штаба.
Работа в главке значительно расширила масштабы его деятельности и позволила со всей полнотой проявиться его аналитическим способностям и организаторскому таланту. Он не сидел на месте, часто и подолгу находился в «горячих точках».
В аттестующем деятельность В. Овчинникова документе за
В марте 1990 г. его направляют в один из самых тогда конфликтных регионов (в Нагорно-Карабахскую автономную область), назначив заместителем начальника штаба Управления внутренних войск МВД СССР по Северному Кавказу и Закавказью.
Некоторое время он занимается организацией службы и подготовкой частей оперативного назначения и специальных моторизованных частей милиции ГУКВВ (май 1991 г. — март 1992 г.). Затем в течение года работает в центральном аппарате МВД России в качестве главного инспектора управления, занимающегося анализом и выработкой решений при чрезвычайных ситуациях, Главного управления обеспечения общественного порядка МВД СССР. Учит, организует, передает накопленный войсковой опыт. Затем возвращается в ГУКВВ заместителем начальника оперативного управления (19.03.1993 г.). Через год получает первый генеральский чин. И вскоре его снова зовут в Министерство внутренних дел.
В конце 1995 г. он назначается заместителем начальника Главного штаба МВД СССР. Здесь требовались проверка и анализ поступающей информации, оперативность и взвешенность предлагаемых решений. Это была весьма ответственная и очень интересная работа. Начальник Главного штаба генерал П. Т. Маслов дал своему заместителю такую характеристику:
После августовских боев в Грозном (1996) генерал-майор Овчинников возглавил центральную комендатуру города. На его плечи легла организация охраны общественного порядка, работа по восстановлению объектов жизнеобеспечения населения, борьба с мародерами, грабителями.
Главнокомандующий внутренними войсками генерал-полковник В. В. Овчинников на командном пункте во время проведения операции против боевиков, вторгшихся на территорию Республика Дагестан. Август 1999 г.
С 17.06.1997 г. назначается начальником Главного управления исполнения наказаний МВД России. Генерал В. Овчинников с интересом изучает пенитенциарную систему России и других стран, знакомится с постановкой этого дела на периферии, положением осужденных и содержащихся в переполненных СИЗО подследственных. Внимательно выслушивает мнения специалистов. Намечает пути решения возникших проблем, особенно в части разгрузки тюрем, строительства таких учреждений, которые отвечали бы современным требованиям содержания и воспитания лишенных свободы людей. Его давно занимали вопросы юриспруденции. Еще в юности он мечтал поступить на юрфак. Случилось так, что с правовой наукой практически он соприкасался в процессе службы. Теперь пора было проанализировать и обобщить накопленный опыт, соединить теорию и практику. В результате получилась кандидатская диссертация на тему: «Организационно-правовые основы деятельности органов внутренних дел и внутренних войск МВД России в условиях внутренних вооруженных конфликтов», которую он блестяще защитил.