В диссертации был собран и обобщен накопленный к тому времени войсками опыт, приобретенный во внутренних вооруженных конфликтах на территории бывшего СССР. Сделаны определенные выводы, актуальные и применимые сегодня. Они касаются, в частности, организации взаимодействия различных силовых структур, путей преодоления ведомственной разобщенности, проблемы подготовки кадров и повышения их квалификации, причем не только военных, но и гражданских лиц соответствующего уровня. Сформулированы предложения, направленные на совершенствование деятельности государственных, в том числе правоохранительных органов, при разрешении конфликтных ситуаций.
В связи с тем, что система исполнения наказаний и ее руководящий аппарат переходили в ведение Министерства юстиции, встал вопрос о дальнейшей службе генерала В. Овчинникова. МВД не хотело его отпускать. Некоторое время он числился в распоряжении МВД СССР, отбыл давно не использованный отпуск, затем снова переведен на военную службу и 02.03.1999 г. Указом Президента Российской Федерации назначен первым заместителем главнокомандующего внутренними войсками МВД России. Будучи на этой должности, фактически исполнял обязанности заместителя министра внутренних дел по чрезвычайным ситуациям в Северо-Кавказском регионе. Указом от 05.04.1999 г. назначен заместителем министра внутренних дел — главнокомандующим внутренними войсками МВД России.
Десять месяцев он пробыл на посту главкома. Это было время продолжения разработки теоретических и практических основ военных реформ. План реформирования внутренних войск в 1998 г. предусматривал усиление правоохранительного аспекта в деятельности войск, решение на правительственном уровне вопроса о снятии войсковой охраны с ряда объектов. Другим организациям была передана охрана 49 важных государственных объектов и 23 объектов на железнодорожных коммуникациях.
Вручение наград отличившимся воинам. Станица Червленная. Октябрь 1999 г.
Потребовалось дальнейшее совершенствование законодательной базы функционирования внутренних войск, повышение их профессионализма и технического оснащения, усиление боевой подготовки, создание высокомобильных формирований, способных к автономным действиям. Наметилось преобразование округов в четыре региональных командования и два управления, являющиеся оперативно-территориальными объединениями.
Под руководством генерал-полковника В. В. Овчинникова была разработана концепция развития внутренних войск на период до 2005 г. В своих выступлениях на Военном совете и в прессе главком, не скрывая трудностей, переживаемых внутренними войсками, выдвинул ряд важных задач: в первую очередь сбережение жизни и здоровья военнослужащих
22.01.2000 г. генерал-полковник В. В. Овчинников был освобожден от занимаемой должности и зачислен в распоряжение МВД РФ.
В. В. Овчинников. 2000 г.
01.07.2000 г. прикомандирован к Государственной компании «Росвооружение» с оставлением на военной службе во внутренних войсках МВД РФ. В действующем резерве состоял до июня 2007 года. С июня 2007 года, будучи уже в отставке, продолжает работу советником генерального директора ФГУП «Рособоронэкспорт».