Перемены в биографии Ширвиндта произошли в связи с упразднением в 1930 г. НКВД РСФСР. После почти восьмилетнего командования конвойными войсками Ширвиндт Постановлением СНК СССР от 21.01.1931 г. № 66 освобождается от должности, зачисляется в резерв РККА (приказ РВС СССР № 505 — 1931 г., приказ КВ СССР № 6 от 29.01.1931 г.). Он стал начальником мобилизационного управления и начальником военизированной охраны Народного комиссариата водного транспорта (18.06.1931–01.10.1933). В его ведении также находилась Экспедиция подводных работ особого назначения (ЭПРОН), занимавшаяся подъемом затонувших судов и аварийно-спасательными работами. Являлся членом коллегии Наркомвода (Постановление СНК СССР № 281 от 16.04.1931 г.)
С октября 1933 г. Е. Г. Ширвиндт переходит на работу в Прокуратуру СССР и становится старшим помощником генерального прокурора (утвержден Постановлением
Президиума ЦИК СССР от 09.01.1934 г.). Мог ли он предполагать, что возвращение на стезю знакомой ему сферы деятельности обернется трагедией… На его глазах законность и правосудие превращаются в произвол и бесправие. Его шеф генпрокурор Вышинский не мог и не посмел препятствовать этому, напротив, способствовал разгулу сталинских репрессий в стране.
Научная и практическая деятельность Е. Г. Ширвиндта проходила в весьма сложную драматическую эпоху, когда многие традиционные постулаты отечественного правоведения вступили в противоречие с проводимой карательной политикой. Конечно, это накладывало отпечаток на творческую и административную работу лиц, обязанных подчиняться и следовать правилам, законоположениям и идеологическим установкам существующего режима, независимо от того, делали они это по своим убеждениям или в силу необходимости. Но это все равно не давало гарантии их личной свободы.
Под прикрытием «борьбы с врагами народа» подверглись чистке и кадры самой Прокуратуры. Одной из ее многочисленных жертв стал и Е. Г. Ширвиндт. Его работа на посту старшего помощника генерального прокурора закончилась арестом 11 марта 1937 г.
20 июня 1939 г., когда основной шквал смертных приговоров прошел, Военная коллегия Верховного суда СССР приговорила его к тюремному заключению сроком на 10 лет с поражением в правах на 5 лет и конфискацией личного имущества. Потом была длинная вереница тюрем, пересылок и этапов, Краслаг, перевод в категорию ссыльнопоселенцев.
Находясь на поселении в Красноярском крае, работал юрисконсультом одного из леспромхозов. Освобожден в октябре 1954 г. Реабилитирован 05.03.1955 г. После возвращения в Москву в 1955 г. был принят на работу в Научно-исследовательский отдел ГУЛАГа МВД СССР старшим научным сотрудником. Получил звание подполковника внутренней службы. Читал лекции, писал статьи. Умер 23.09.1958 г.
Была репрессирована и впоследствии реабилитирована его жена, Варвара Акимовна Мойрова, в прошлом революционерка, член большевистской партии с 1917 г. Одно время являлась председателем Союза обществ Красного Креста и Красного Полумесяца СССР, в числе первых женщин награждена орденом Ленина.
Брат Б. Г. Ширвиндт — доктор медицинских наук, был главным педиатром СССР.
Сын Борис — участник Великой Отечественной войны, доктор педагогических наук.
Сочинения: Ширвиндт Е. Г. Наше исправительно-трудовое законодательство. — М.,1925; Ширвиндт Е. Г. Основы и задачи советской уголовной политики. — М.-Л., 1929; Ширвиндт Е. Г. Текущие вопросы административного строительства. — М., 1930; Ширвиндт Е. Г.,Утевский Б. С. Советское пенитенциарное право. — М., 1927; Ширвиндт Е. Г., Утевский Б. С. Что нужно знать заключенному (права и обязанности). — М., 1927; Ширвиндт Е. Г., Утевский Б. С. Советское исправительно-трудовое право. — 2-е изд. — М., 1931; — М., 1957; Ширвиндт Е. Г., проф. К сорокалетию исправительно-трудовой политики Советского государства. — М., 1957.