В Тамбове ему пришлось пережить неимоверные испытания. В своей автобиографии он так описывает эти события: «Во время восстания эсеров и белогвардейцев в Тамбове в июне 1918 года я был избит и брошен в тюрьму, приговорен полевым судом… к расстрелу. Вырванный из тюрьмы преданными революции красногвардейцами, подавил восстание…».
В июле 1918 г. назначен начальником резервной Московской рабочей дивизии. С 1 октября 1918 г. возглавляет войска ВЧК (сначала — врид начштаба), а с июня 1919 г. — войска ВОХР (Постановление СНК от 10.06.1919 г.). Его деятельность на этом посту была весьма плодотворной. При нем военная сила ВЧК приобрела стройную военную организацию. Он привнес армейское начало в принципы комплектования, обучения, боевого использования войск.
Вот некоторые мысли и требования, высказанные Валобуевым в своих приказах. В приказе № 126/20 от 20.11.1918 г. об организации боевого обучения личного состава Корпуса войск ВЧК он требует:
Необходимо обучать маршировке, бегу, сначала без амуниции, но постепенно переходить к полной походной боевой выкладке, ибо все, что встречается в боевой обстановке, необходимо и обязательно должно быть пройдено в мирной жизни. Из своего боевого стажа войны я могу сказать, что солдаты, обученные по вышеуказанной системе, легче переносили тяжести боевой жизни и службы, несли значительно меньшие потери убитыми и ранеными, а целые войсковые части в бою давали блестящие результаты, приводящие всегда к победе над противником».
Стиль его приказов по-суворовски краток и содержателен. Так, 17 октября 1919 г. батальону войск ВОХР, направленному на фронт для прикрытия Николаевской железной дороги, он приказывает «умереть, но не отступить». Войскам часто приходилось действовать при соприкосновении с местным населением. Весьма характерен учитывающий это обстоятельство приказ № 243 от 18 сентября 1919 г.: «Приказываю начальникам частей войск внутренней охраны всех ступеней принять все зависящие меры к установлению добрых и дружеских отношений между подчиненными им красноармейцами и населением страны, ни в коем случае не допуская каких бы то ни было столкновений с жителями, самочинного пользования имуществом, принадлежащим последним.
Все красноармейцы, от младшего до самого старшего своего начальника, своей вежливостью и товарищеским обращением к населению должны расположить его к себе и тем доказать на деле, что войска внутренней охраны не враги его, а добрые друзья и товарищи, охраняющие порядок и интересы населения».
К. М. Валобуев
Удостоверение К. М. Валобуева, подписанное В. И. Лениным. 1919 г.
С 27.03.1919 г. Валобуев — член коллегии ВЧК. В сентябре — декабре — начальник оперативного штаба Комитета обороны Москвы. Затем Валобуев по его просьбе был освобожден от должности по болезни на три месяца (приказ войскам ВОХР, подписанный Ф. Э. Дзержинским, № 384 от 13.04.1920 г.).
Валобуеву была предоставлена возможность вернуться на службу в войска. Однако он этим не воспользовался. Кроме болезни у него была еще более существенная причина ухода с поста начальника войск ВОХР. Она связана с несогласием его с «
Удостоверение члена коллегии ВЧК К. М. Валобуева. 1919 г.