Постановлением СТО от 19 января 1921 г.[23]
войска ВНУС, за исключением войск чрезвычайных комиссий, железнодорожной и водной милиции, передавались в военное ведомство (в дальнейшем резко сокращены), оставшиеся контингенты составили войска ВЧК.Однако в марте 1921 г. эта должность упраздняется и восстанавливается должность начальника войск (приказ ВЧК № 61 от 25.03.1921 г., приказ войскам ВЧК от 28.03.1921 г.).
Спустя некоторое время издается Положение об организации войск ВЧК от 10 июля 1921 г., в котором этот вопрос трактуется следующим образом:
В то же время повышается роль и ответственность в деле руководства войсками председателя ВЧК (с февраля 1922 г. — Государственного политического управления при НКВД РСФСР). Титул командующего переходит к нему.
Характерным для того периода явлением была частая смена декораций. Не успели принять одно решение, как тут же следует новое об очередной реорганизации. Эта перестроечная лихорадка продолжалась почти два года. Она была вызвана изменением общеполитической обстановки, переходом от войны к миру, необходимостью приспособиться к новым условиям, поиском наиболее целесообразных решений. Возможно, здесь играло роль и то обстоятельство, что после ухода В. С. Корнева на первых порах не нашлось фигуры для равнозначной замены. Хотя в это время во главе войск смогли побывать достаточно колоритные личности (Розен, Студеникин, Патаки), но они командовали войсками недолго и не успели проявить в должной мере свойственный им организаторский талант, реализовать свои возможности. Однако даже за короткий срок каждый из них внес что-то новое, интересное, полезное. М. И. Розен был инициатором создания отряда ОСНАЗ (прообраз современного спецназа); П. К. Студеникин предложил преобразовать этот отряд в дивизию (проект был осуществлен спустя три года); Ф. В. Патаки, будучи начальником отдела борьбы с бандитизмом и начальником Управления войск ВЧК — ГПУ, успешно исполнял обе должности, провел реорганизацию войск в связи с их сокращением, был одним из разработчиков проекта о создании Отдельного пограничного корпуса.
Появление на командном олимпе Э. С. Кадомцева, выступившего с интересными инициативами, способствовало росту авторитета начальника войск, внесло в жизнь войск свежую струю полезных преобразований. По его инициативе коллегия ГПУ 26 июля 1922 г. приняла постановление, согласно которому начальник Управления войск ГПУ стал именоваться начальником войск. Была изменена структура управления войсками, она приобрела общевойсковую форму организации. Управление становится Штабом, реорганизации подверглись и периферийные органы войскового управления. Кадомцеву не удалось вернуть титул командующего начальнику войск. Командующим войсками ГПУ считался председатель ГПУ или его заместитель, в округах командующими войсками округа были полномочные представители ГПУ.
В Положении о Штабе войск ГПУ (объявлено приказом войскам ГПУ № 452 от 25.10.1922 г.) указывалось:
Следовательно, должной четкости и по-военному строгой определенности в вопрос о командующем войсками ГПУ упомянутые нормативные акты не внесли. Командующий — на то и командующий, что он должен быть один в данном качестве. Но в войсках ГПУ это непреложное правило не соблюдалось. Обычно приказы, касающиеся войск ГПУ, подписывал зампред ГПУ И. С. Уншлихт,[26]
и вслед за его подписью стояла фамилия начальника войск, а чаще начальника штаба войск Н. А. Ефимова.[27] Иногда приказы издавались за подписью зампреда ГПУ Я. Х. Петерса.[28] В период с октября по ноябрь 1923 г. приказы войскам подписывал в качестве первого лица зампред ГПУ Г. Г. Ягода,[29] именовавшийся при этом командующим войсками ГПУ.