Поэтому военные чувствовали себя уверенно и не боялись чекистов. В Гражданскую войну, например, разгневанный командарм запросто мог арестовать начальника Особого отдела, если у них не складывались отношения. Лишь после ухода Троцкого из армии ситуация радикально изменится. Подчиненность Особых отделов военным отменят в 1931 — м, и с этого момента военная контрразведка окончательно выйдет из подчинения армии.
Из-за одиозности в деятельности органов ВЧК, в том числе и Особых отделов, 17 февраля 1919 г. ВЦИК принимает постановление «О Всероссийской Чрезвычайной Комиссии». Документом полномочия чекистов несколько ограничивались: право вынесения приговоров по делам, расследуемым ЧК, вновь передавались ревтрибуналам. Но комиссия могла применять внесудебные репрессии в случае вооруженных выступлений и в местностях, объявленных на военном положении.
Дела с кадрами агентуры Региструпра обстоят крайне плохо. Разведку делает эффективной ее агентурная сеть, а у ведомства ее не было. В первую очередь это связано с недостатком людей, не только желающих, но и способных заняться агентурной работой. Попытки привлечь к такой деятельности бывших тайных военных агентов русской армии, как правило, терпели неудачу, поскольку они испытывали глубокое недоверие к советской власти. Вербовка агентов из интеллигенции также не дала результатов. Осталось последнее средство — партийный набор. Но и здесь руководство Региструпра ждало разочарование. Из 20 партийных работников, мобилизованных с ноября 1918 по январь 1919 г., тринадцать оказались изначально непригодны к агентурной работе, а еще двое давали сведения, но весьма посредственные, и толку от них было мало.
19 февраля 1919 г. начальник Агентурного отделения Региструпра В.А. Срывалин в докладе на имя начальника Агентурного отдела Г.Я. Кутырева пишет следующее: «В настоящее время крайне затруднено обследование агентов (из партийных) с нравственной и деловой стороны их качеств. Запас старых партийных работников исчерпан с первых дней октябрьской революции — все они заняли высокие административные посты. Коммунисты же октябрьского и более поздних сроков в большинстве не поддаются обследованию вследствие постоянно меняемых ими специальностей службы, непродолжительности сроков этой службы и отсутствия достаточно авторитетных лиц, которые могут дать оценку личности того или другого человека». Далее идет речь о том, что, несмотря на солидные рекомендации, данные кандидатам даже членами Совнаркома, те их не оправдывали по лично-моральным качествам и в конечном итоге становились обузой в кадрах разведки, от которой было чрезвычайно тяжело избавиться.
Ярким примером этого являются события, связанные с сотрудником военной разведки, имевшим псевдоним Бирзе. На самом деле это был латышский полковник А.И. Эрдман. Являлся одним из руководителей савинковского Союза защиты Родины и свободы. Под видом лидера поддерживающих советскую власть анархистов он втерся в доверие к Ф. Дзержинскому и был назначен одним из руководителей Региструпра («крышевая» должность ВЧК в центральном аппарате военной разведки). Представитель «чрезвычайки» был грозой региструпровских военспецов. Его люто ненавидели, но с ним не связывались.
Эрдман «под крышей ВЧК» искусно занимался контрреволюционной деятельностью. С этой целью им использовались документы и деньги Региструпра, он спровоцировал так называемый муравьевский мятеж, способствовал расколу между большевиками и левыми эсерами, разжигал распри внутри большевистского руководства, запугивал левых коммунистов и левых эсеров германской угрозой и т. д. Подрывная деятельность Эрдмана вскрылась лишь в 1920-х гг. Заслуженного наказания он избежал. Но искалеченные с его подачи судьбы добросовестных сотрудников новой власти так и остались израненными мечом несправедливости.
Практика привлечения к сотрудничеству с разведкой в качестве агентов лиц по рекомендации высокопоставленных чиновников от партии, особистов и комиссаров также преимущественно приводила к негативным последствиям. Так, в январе 1919 г. в Сибири в Особом отделе 5-й армии появился венгр-инженер Сатке. Он представился представителем подпольной организации, якобы подготовившей восстание на Экибастузских копях. Его переправили в Москву для доклада РВС Республики о положении в Сибири. После встречи с Лениным и Троцким Сатке по их указанию получил полторы тысячи рублей керенками «на работу». В феврале того же года он вернулся в Сибирь с бумагой, подписанной начальником Региструпра, где предписывалось немедленно переправить его через линию фронта, что и было сделано. Сатке, его жена и некий разведчик Александр благополучно переправились на ту сторону. Летом 1919 г. Троцкий два-три раза запрашивал по телеграфу у комиссара-куратора большевистской разведки в регионе (Смирнов Иван Никитич), что слышно «об известном предприятии в Сибири»? Однако протеже исчез бесследно, чего и стоило ожидать.