19 декабря 1918 г. решением Бюро ЦК РКП(б) Военный отдел ВЧК и его органы в армии объединены с органами военного контроля Наркомвоена. На их базе создавались Особые отделы — органы ВЧК, в задачи которых входила борьба с «контрреволюцией» и шпионажем в армии. Военно-цензурное отделение Отдела военного контроля вошло в состав Региструпра на правах отдела.
Необходимо отметить, что созданию Особого отдела ВЧК (руководитель М.С. Кедров) и подчиненных ему учреждений предшествовала дискуссия среди высшего партийного и советского руководства относительно судьбы армейских структур контрразведки. Многие из них не соглашались с идеей объединения контрразведки под одним руководством, считали необходимым оставить ее в составе военного ведомства. Однако восторжествовала другая точка зрения. В конечном итоге функция борьбы с разведкой противника (шпионажем) была изъята из ведения военной разведки Красной армии.
ВЧК была боевым отрядом партии большевиков. Все руководящие должности вертикали управления в ней как в центре, так и на местах занимали партийные функционеры, направлявшие работу специалистов контрразведывательного дела в нужном для большевиков русле. На деле основной задачей Особых отделов стала не борьба со шпионажем, а выявление «контрреволюционных элементов», организация тотального контроля и слежки за старыми военными специалистами, за всеми подозрительными военнослужащими в Красной армии.
Приказом РВСР № 477/67 от 26 декабря 1918 г. введены типовые штаты полевых управлений фронтов и армий: оперативное управление штаба фронта и оперативный отдел штаба армии включали в себя разведывательные отделения.
Из справки о деятельности Военно-статистического отдела Всероссийского Главного штаба (ВГШ) по состоянию на декабрь 1918 г.: «После государственного переворота (не после революции, а именно после «государственного переворота»!!! - B.C.) был прекращен отпуск денег Главному управлению Генерального штаба на секретные расходы ввиду стремления сократить ассигнование денежных сумм на непроизводственные надобности. Вследствие прекращения отпуска денежных средств заграничная агентура должна была прекратить свою деятельность. Подписание Брестского мира и последовавший затем перерыв в связи с нашими военными представителями в союзных и нейтральных государствах повлекло полное прекращение донесений из-за границы».
По данным агентурной разведки Колчака: «В Советской России до 85 % фабрик и заводов приостановило работу из-за недостатка топлива и сырья, в связи с чем ВЦИК решил ввести в этой области строгий военный режим и постановил учредить госсовет рабоче-крестьянской обороны под председательством В.И. Ленина. Несмотря на повсеместное недовольство населения, мобилизация в Красную армию идет довольно-таки успешно».
По данным агентурной разведки Японии: «Между главой советского правительства В.И. Лениным и председателем Реввоенсовета Республики сложились очень натянутые отношения. Поскольку второй популярен в народе, то первому нелегко его удалить. Ленин не пользуется германскими ссудами, Троцкий же является верным другом Германии».
Январь 1919 года
Приказом № 34 от 3 января 1919 г. Регистрационному управлению Полевого штаба была подчинена вся агентура штабов фронтов и армий.
9 января 1919 г. РВСР приказал всем штабам военных округов, кроме Петроградского и Орловского, передать органы агентурной разведки в соответствующие штабы фронтов и армий. Аналогичные структуры действующей армии и штабов Петроградского и Орловского военных округов были к этому времени уже подчинены Регистрационному управлению ПШ.
В ходе Гражданской войны появилась необходимость выделять командиров в бою. С этой целью приказом РВСР № 116 от 16 января 1919 г. для строевых командиров вводятся знаки различия — цветные петлицы на воротники (по родам войск) и командирские нашивки на левый рукав, выше обшлага.
31 января 1919 г. РВСР дополнил штатРегиструпра 2-м отделом. Был создан морской разведывательный агентурный отдел.
В Берлине произошли бои между революционерами-спартаковцами и правительственными войсками.
Февраль 1919 года
6 февраля ВЦИК утвердил «Положение об Особых отделах при Всероссийской Чрезвычайной Комиссии». Они должны были бороться с контрреволюцией и шпионажем в армии и на флоте, следить за военачальниками, изучать настроения в армейской и флотской среде. Кроме того, Особые отделы занимались разведывательной работой за границей и на территориях, занятых белой армией и иностранными державами. Этот отдел возглавил сам Дзержинский.
Ввиду высокого положения и авторитета наркомвоенмора Троцкого в положении подчеркивалось, что Особые отделы будут действовать под контролем Реввоенсовета Республики. На деле Троцкий был более важной фигурой, чем председатель ВЧК.