• западное отделение (Литва, Польша, Галиция, Румыния, Германия, государства бывшей Австро-Венгрии), начальник отделения — Р.Я. Калнынь,
• Ближневосточное отделение (Балканские страны, Турция, Кавказ, Туркестан, Афганистан, Индия), начальник отделения — Г.Л. Соколов,
• Дальневосточное отделение (Сибирь, Китай, Япония), начальник отделения — Г.П. Михаиленко;
— 2-й отдел — морской агентурный отдел, начальник отдела А.А. Деливрон (отдел входил в Региструпр с февраля 1919 г. по январь 1920 г.);
— 3-й отдел — военно-цензурный отдел, начальник отдела Я.А. Грейер (в составе отдела с декабря 1918 г. по октябрь 1919 г.);
— консультантство, начальник — старший консультант В.Г. Зиверт (подразделение состояло из специалистов старой армии; В.Г. Зиверт исполнял эту должность по
совместительству до конца июня 1919 г., являясь одновременно и начальником сухопутного агентурного отдела);
— шифровальная часть, начальник — В.А. Панин, его помощник — П.Б. Озолин.
Войсковой разведкой занималось разведывательное отделение Оперативного управления Полевого штаба. Ее возглавляли Кузнецов Б.П., с августа 1919 г. — Б.М. Шапошников, с декабря 1919 г. — подполковник Генштаба Константин Юльевич Берендс.
Июль 1919 года
Ф. Дзержинский принимает решение любыми путями и средствами включить в состав ВЧК военную разведку. По его указанию 8 июля 1919 г. стряпается так называемое «дело Полевого штаба», по которому были арестованы и обвинены в участии в заговорщической контрреволюционной деятельности и подготовке переворота бывшие офицеры царской армии: главком Вооруженных сил Республики Иоаким Вацетис (бывший полковник царской армии, он сразу же перешел на сторону советской власти. В 1918 г. сформировал Латышскую дивизию: латышские стрелки считались самым надежным отрядом революции. Особо отличился при подавлении мятежа левых эсеров. В Гражданскую войну командовал Восточным фронтом. 6 сентября 1918 г. назначен главнокомандующим Вооруженными силами Республики), порученец при главкоме капитан Евгений Иванович Исаев, находившийся в распоряжении главкома капитан Николай Николаевич Доможиров, начальник разведывательного отделения Оперативного управления Полевого штаба капитан Б.И. Кузнецов, консультант начальника разведывательного отделения Юлий Иванович Григорьев, сотрудник для поручений при начальнике Полевого штаба штабс-капитан Александр Кузьмич Малышев. Однако за полным отсутствием доказательств следствие прекратили. В результате этого Дзержинскому так и не удалось прибрать к рукам военную разведку.
К середине июля 1919 г. во все периферийные органы агентурной разведки из Региструпра поступило «Положение об агентуре штабов фронта, армий и дивизий». Согласно ему центр тяжести в организации агентурной разведки ложился на полевые разведывательные подразделения. Документом определялось, что агентурой фронта должен руководить комиссар разведывательного отделения штаба фронта, непосредственно подчиненный одному из членов РВС штаба фронта, на которого было возложено общее наблюдение за ходом работы агентуры.
Зона, подлежащая агентурному наблюдению из штаба фронта, должна была охватывать глубокий тыл противника и разделяться на округа наблюдения, в важнейших пунктах которых следовало насаждать местных резидентов. В круг задач агентуры штаба фронта входил сбор сведений о новых формированиях противника, его ресурсах, живой силе, технической оснащенности войск, планах высшего командования, направлениях перебросок, подготовке к крупным операциям и местах сосредоточения стратегических резервов.
Агент-ходок являлся основной фигурой в агентурной разведке Красной армии до конца 1919 г. Для сбора интересующих командование сведений эту категорию агентуры направляли с определенным заданием, атои вовсе без задания, по определенному маршруту или в указанный район.
Агенты-ходоки делились на две категории: внутренние и внешние ходоки. Внутренние использовались только в расположении частей противника. Они получали задание пристроиться к какой-либо воинской части и, следуя вместе с ней, вести разведку. Если агент не был на связи у резидента, то «курсировал» с информацией через линию фронта самолично или посылал добытое по почте на условный адрес в тылу противника (хозяину конспиративного адреса по нынешней терминологии, а тогда его называли «почтовым ящиком»). Из «почтового ящика» корреспонденция извлекалась специально посланным агентом-ходоком. При наличии у внутреннего агента связи с резидентом, передача информации организовывалась по такому же принципу.
Переписка велась с использованием шифра. Так, например, разведывательное отделение 14-й армии для обеспечения резидентов и ходоков имело 23 собственных шифра.
Внешние ходоки использовались по двум направлениям: непосредственно для ведения разведки в выделенном районе и в качестве курьеров (агентов-связников) между Центром и резидентом или между резидентом и его агентами внутри резидентуры (в этом случае роль Центра выполнял резидент).