В первый день войны каждый наркомат издал руководящие указания о действиях своих сотрудников. Они, как правило, не учитывали реальной обстановки на фронте. Так, организуя работу военной контрразведки, руководство 3-го Управления НКО СССР и 3-го Управления НКВМФ СССР не имели достаточного представления о складывавшейся на линии фронта и в прифронтовой полосе оперативной обстановке. Для пресечения подрывной деятельности агентуры иностранных разведок и антисоветских элементов, проникших в армию, нач. 3-го Управления НКО СССР, майор ГБ А.Н. Михеев 22 июня подписал директиву № 34794 на имя всех нач. третьих отделов округов в связи началом военных действий, в которой им было предложено: немедленно форсировать работу по созданию резидентур и обеспечению их запасными резидентами, при этом подразделения войсковых частей и соединений, выбывающих в районы военных действий, укомплектовать полноценными резидентурами; активизировать разработку подучетного элемента, направить агентурно-осведомительный аппарат на своевременное вскрытие и ликвидацию агентуры противника по линии шпионажа, диверсии, террора; своевременно предотвращать случаи дезертирства и измены Родине; решительно пресекать все антисоветские проявления и вражескую работу по разложению личного состава воинских частей; не допускать фактов разглашения государственной и военной тайны, особенно работниками штабов и узлов связи; агентурно-осведомительной сети вскрывать недочеты, отрицательно влияющие на выполнение боевых задач; командировать на месте работников своего аппарата для оказания практической помощи. От всех органов 3-го Управления НКО ССР и каждого оперативного работника в отдельности Михеев потребовал «быстрого, четкого и неуклонного выполнения задач, поставленных настоящей директивой»[172]
.В свою очередь, народный комиссар госбезопасности В.Н. Меркулов в этот же день, 22 июня, в 9 часов 10 минут, направил народным комиссарам госбезопасности союзных и автономных республик, начальникам краевых и областных УНКГБ директиву № 127/5809 о мероприятиях органов госбезопасности в связи с начавшимися военными действиями с Германией, который потребовал немедленно привести в мобилизационную готовность весь оперативно-чекистский аппарат НКГБ-УНКГБ; изъять разрабатываемый контрреволюционный и шпионский элементы; мобилизовать внимание всей агентурно-осведомительной сети на своевременное вскрытие и предупреждение всех возможных вредительско-диверсионных актов в системе народного хозяйства и в первую очередь на предприятиях оборонной промышленности и железнодорожного транспорта; при поступлении данных о готовящихся государственных преступлениях – шпионаж, террор, диверсия, восстания, бандитские выступления, призыв к забастовкам, контрреволюционный саботаж и т. д. – немедленно принимать оперативные меры к пресечению всяких попыток вражеских элементов нанести ущерб советской власти. Меморандумом было предложено совместно с НКВД-УНКВД обеспечить: строгую охрану важных промышленных предприятий, железнодорожных узлов, станций, мостов, радиотелеграфных, телеграфных станций, аэродромов, банков и т. д.; мобилизовать внимание работников милиции на борьбу с возможными проявлениями паники; привести в боевую готовность пожарные команды. Все намеченные мероприятия должны были согласовываться с первыми секретарями ЦК компартии республики, крайкомов и обкомов ВКП (б), а о результатах проведенной работы немедленно телеграфировать в НКГБ СССР[173]
.Как видим, первые директивы, направленные центральным аппаратом военной контрразведки различных ведомств на места, носили достаточно абстрактный, «дежурный» характер. К тому же задача на ведение разведывательной работы агентурно-осведомительной сети не ставилась, она ориентировалась на деятельность в краткосрочном конфликте. Обращает на себя внимание и тот факт, что не было детальных конкретных указаний по борьбе со шпионажем, они давались в общем плане в документах ГКО, НКО, НКВД и НКГБ. При этом особистам нельзя было не учитывать наличие серьезной социальной базы у противника, а отсюда и возможного предательства, перевербовки наших агентов. Это было следствием некачественной подготовки в начальный период войны резидентов, агентов и осведомителей к действиям в особых условиях. Однако в первых документах военной контрразведки уже были заложены все основные направления ее будущей работы в годы войны.