1. Преобразовать органы 3-го Управления, как в Действующей армии, так и в военных округах (от отделений в дивизиях и выше) в особые отделы, а третье Управление – в Управление Особых отделов.
2. Подчинить Управление особых отделов и особые отделы Народному комиссариату внутренних дел, а уполномоченного особотдела в полку и особотдела в дивизии, одновременно подчинить, соответственно, комиссару полка и комиссару дивизии.
3. Главной задачей особых отделов на период войны считать решительную борьбу со шпионажем и предательством в частях Красной Армии и ликвидацию дезертирства непосредственно в прифронтовой полосе.
4. Дать особым отделам право ареста дезертиров, а в необходимых случаях и расстрела их на месте.
5. Обязать НКВД дать в распоряжение особых отделов необходимые вооруженные отряды из войск НКВД.
6. Обязать начальников охраны тыла иметь прямую связь с особыми отделами и оказывать им всяческую поддержку.
Появившаяся на следующий день, 28 июня, Директива НКВД СССР № 169 разъясняла, что «смысл преобразования органов Третьего управления в особые отделы с подчинением их НКВД заключается в том, чтобы повести беспощадную борьбу со шпионами, вредителями, диверсантами, дезертирами и всякого рода паникерами и дезорганизаторами».18
Полагаем, что решение о переподчинении военной контрразведки НКВД стало результатом поражений Красной Армии в кампании 1941–1942 годов, а также острой необходимостью жесткого политического контроля за действиями командиров Красной Армии, выявления паникеров и предателей, агентов спецслужб нацистской Германии, а также личного недоверия И. В. Сталина к командирам Красной Армии.
20 июля 1941 года произошло объединение НКВД и НКГБ в один орган, руководство которым было поручено Л. П. Берия. Это решение было продиктовано исключительно для концентрации сил и средств органов безопасности СССР в критическую минуту наступления противника. В июле 1941 года ГКО предоставил особым отделам право внесудебного расстрела дезертиров и изменников Родины, однако в октябре 1942 года, после стабилизации фронта, отменил внесудебные расстрелы и обязал особые отделы передавать дела об изменниках и дезертирах в суды военных трибуналов. Вводилось подчинение сотрудников особых отделов, кроме непосредственного начальника, комиссару подразделения.
19 июля 1941 года начальником Управления особых отделов был назначен заместитель наркома внутренних дел, комиссар ГБ 3-го ранга В. С. Абакумов. На флоте органы военной контрразведки остались в составе НК ВМФ СССР и были преобразованы в особые отделы 11 февраля 1942 года.
14 апреля 1943 года из состава НКВД был вновь выделен НКГБ под руководством В. Н. Меркулова.
В 1943 году, с началом перехода Красной Армии к активным наступательным действиям, в целях повышения эффективности деятельности военной контрразведки и для сокращения времени прохождения информации с фронтов к военно-политическому руководству страны, а точнее, к И. В. Сталину, было предложено особые отделы НКГБ вновь включить в состав наркоматов обороны и военно-морского флота.
19 апреля 1943 г. было подписано секретное постановление Совнаркома, согласно которому военная контрразведка передавалась в наркоматы обороны и Военно-Морского Флота, при которых учреждались управления контрразведки «Смерш» (начальник Главного управления «Смерш» НКО В. С. Абакумов, начальник управления «Смерш» НК ВМФ П. А. Гладков). 15 мая 1943 г. в НКВД был также организован отдел контрразведки «Смерш» (С. П. Юхимович). По мнению профессора А. А. Здановича, которое он высказал на страницах «Комсомольской Правды» от 20 апреля 2018 года, название «Смерш» («смерть шпионам») новому контрразведывательному органу в Красной Армии предложил сам И. В. Сталин.19