С первых дней ввода ограниченного контингента советских войск в Афганистан в Особых отделах КГБ СССР по Туркестанскому и Среднеазиатскому военным округам возникла необходимость в доукомплектовании подчинённых органов военной контрразведки по дивизиям и бригадам до штатов военного времени, так как соединения Советской Армии, входящие в ТуркВО и САВО, были кадрированными. Учитывая, что руководящие и рядовые сотрудники, уже будучи послевоенным поколением, военного опыта не имели, им существенную помощь конкретными делами, указаниями и практическими рекомендациями оказывали руководители 3 Главного управления КГБ СССР, прошедшие суровую школу контрразведки «Смерш» в годы Великой Отечественной войны и войны с Японией. Необходимо отметить, что общее руководство контрразведывательной деятельностью в войсках 40-й армии в Афганистане осуществляли ветераны «Смерш» начальник 3 Главного управления КГБ СССР генерал-полковник Душин Н. А., его первые заместители генерал-лейтенанты Литвинов Н. А. и Еронин Б. А., заместитель генерал-майор Ермолаев И. А.
Участниками Великой Отечественной войны были начальник 3 Главного управления КГБ СССР генерал-лейтенант Сергеев В. С., первый начальник Особого отдела КГБ СССР по 40-й армии ТуркВО генерал-майор Божков С. И., начальник 8 отдела 3 Главного управления КГБ СССР капитан первого ранга Ромашенков А. И., начальники Особых отделов КГБ СССР по пограничным округам: Северо-Западному – генерал-майор Стоноженко А. В., Западному – генерал-майор Маринин В. П., Закавказскому – генерал-майор Бестаев И. З., Восточному – генерал-майор Мухутдинов М. З., Дальневосточному – генерал-майор Беляев Н. Т. и другие.
В отличие от органов военной контрразведки по военным округам, особые отделы по пограничным войскам в силу постоянно решаемых ими повседневных оперативно-боевых задач, так же как и обслуживаемые ими пограничные округа и отряды, и в мирное время находились в полном штате, На государственной границе, особенно с Китаем, Турцией, Ираном всегда была настоящая боевая обстановка.
Отлаженная в военной контрразведке за долгие годы система создания и работы с резервом выдвижения на руководящие и особо ответственные должности оперативного состава позволила планово, без излишней спешки и суеты качественно решать вопросы с отбором сотрудников для направления на службу в Афганистан, определяться с конкретным кандидатом для направления в загранкомандировку в район боевых действий с учётом военного и чекистского образования оперативного работника, семейного положения, опыта контрразведывательной работы. Так, одним из требований к сотруднику особого отдела по пограничным войскам при направлении в командировку в ДРА являлось наличие у него опыта практической работы не менее пяти лет.
Все должностные лица органов госбезопасности с особой ответственностью подходили к подбору кадров для направления в Афганистан. С каждым кандидатом беседовали его непосредственные руководители и вышестоящие прямые начальники, сотрудники кадровых аппаратов. Использовались практикуемые в кадровых аппаратах, регламентированные нормативными актами КГБ СССР иные методы изучения и проверки. Благодаря налаженной системе удалось избежать ошибок при комплектовании органов военной контрразведки за границей не надёжными кадрами. За все время войны в Афганистане не было ни одного случая досрочного откомандирования сотрудника из-за границы по причине низких моральных или деловых качеств, непрофессионализма, уклонения от участия в боевых операциях. Направление в Афганистан сотрудники особых отделов воспринимали как высокое оказанное им доверие, к решению возложенных задач подходили со всей ответственностью, в сложных условиях действовали решительно и геройски, в отдельных случаях при выбытии командиров из строя смело брали управление подразделением на себя и выполняли поставленную задачу иной раз ценой собственной жизни.
Многочисленные примеры мужественного и самоотверженного поведения военных чекистов в ходе боевых действий в Афганистане приводятся в настоящем издании очевидцами событий. Подавляющее большинство офицеров военной контрразведки – участников боевых действий удостоены государственных наград. Старшие оперуполномоченные Особого отдела КГБ СССР по Среднеазиатскому пограничному округу – капитан Сергей Владимирович Григорьев и майор Григорий Петрович Соловьёв геройски погибли при исполнении воинского и чекистского долга, многие оперативные работники получили ранения и контузии. В условиях войны оперативный состав мужал быстрее, вместе с тем все понимали, что боевая обстановка не снимает ответственности за выполнение обязанностей по обеспечению безопасности войск, выявлению агентуры спецслужб противника, предотвращению диверсий, преступлений непосредственно в пограничных войсках.
Руководители органов военной контрразведки являлись примером отношения к делу и воспитанию подчинённых.