Середина 60-х годов была ознаменована не только эскалацией конфликта в Индокитае, к чему напрямую были причастны спецслужбы США, но и тотальным вмешательством Вашингтона в дела государств других регионов мира, прежде всего Южной Америки. Принимая во внимание фактически нескрываемую цель свержения неугодных США режимов путем применения силы, американское руководство не смогло обойтись без привлечения к полувоенным акциям военной разведки. Свидетельством этому явилось прямое подключение РУМО к военному перевороту в Бразилии в 1964 году, в Доминиканской Республике в 1965 году, подготовка ко второму вторжению на Кубу в 1965–1966 годах и события в некоторых других государствах региона.
Однако главным объектом концентрированных разведывательных усилий в этот период продолжал оставаться Вьетнам, куда уже было направлено свыше 5 тыс. сотрудников разведки — оперативников и вспомогательного персонала [5, с. 148–149]. К этому времени главным идеологом разведдеятельности во Вьетнаме стал председатель Консультативного совета президента по внешней разведке К. Клиффорд, названный Джонсоном «главным советником главы государства по разведке» [5, с. 150]. Его усилия были по достоинству оценены Белым домом, и в 1968 году он был назначен министром обороны вместо Макнамары. Немногим ранее, весной 1965 года, президент Джонсон избавился от Маккоуна, креатуры покойного Кеннеди, с которым у главы государства не сложились личные отношения. На пост директора ЦРУ был вновь назначен выходец из военной среды вице-адмирал Уильям Ф. Рейборн, который, правда, лишь один год занимал эту должность. Рейнборн ранее прославился своими качествами лоббиста программы ракетного оружия «Поларис», но мало разбирался в тонкостях внешней политики и тем более работе спецслужб. Первым же заместителем директора был назначен ветеран ЦРУ Ричард Хелмс, который уже через год был назначен президентом на должность главы управления (и оставался им до 2 февраля 1973 года). Это было воспринято в кругах разведчиков как «возвращение на круги своя»: спустя пять лет после смещения А. Даллеса во главе ЦРУ вновь встал профессиональный разведчик. Соответственно резко возросла активность Разведывательного сообщества страны в целом при ведущей роли ЦРУ.
В 1968 году на президентских выборах победу одержал представитель Республиканской партии амбициозный политик Ричард Никсон, который был заинтересован в поиске приемлемого выхода из вьетнамского тупика. Новый президент не питал особой симпатии к разведслужбам, не без основания полагая, что они «приобрели слишком большое влияние на процесс выработки внешнеполитических решений в Вашингтоне». На одном из первых совещаний в Белом доме Никсон заявил, что он ждет от разведки информации, альтернативных предложений относительно возможных действий, составления прогнозов последствий того или иного предлагаемого курса и не более того. Такая позиция президента не могла не насторожить разведчиков, привыкших в годы правления Джонсона напрямую диктовать свои требования и вмешиваться в процесс принимаемых в Белом доме решений. Тем не менее Никсон, ограниченный в кадровой политике позицией мощной политической группировки, выдвинувшей его на президентский пост, в течение первого срока на посту главы государства был вынужден мириться с пребыванием на посту директора ЦРУ не менее амбициозного Хелмса, не являвшегося человеком команды президента. И лишь выиграв вторые президентские выборы в 1972 году, Никсон назначил на пост главы центральной разведслужбы страны своего ставленника — Джеймса Шлесинджера. На пост же первого заместителя директора по настоянию того же Никсона был назначен выдвиженец из военной среды генерал В. Уолтерс. Тем самым президент и внутри ЦРУ пытался создать так называемую систему балансов и противовесов.
В феврале 1970 года Комитет 303 при Совете национальной безопасности был переименован в Комитет 40, но состав этого органа оставался неизменным: в него по-прежнему входили должностные лица администрации, причастные к разведдеятельности, а также представители министерства обороны, включая военную разведку. Тем самым Никсон продемонстрировал свою личную заинтересованность в контроле за работой разведки в целом. В следующем, 1971 году, опять же с формально объявленной целью «балансировки разведывательных оценок», президент сформировал очередной консультативный орган — Комитет по вопросам разведки во главе со своим помощником по национальной безопасности Г. Киссинджером, в работе которого на равных правах принимали участие высокопоставленные представители как ЦРУ и Государственного департамента, так и военной разведки.