В силу целого ряда причин во второй половине 30-х гг. военная разведка Японии столкнулась с серьёзными трудностями в организации агентурной работы в СССР. В приграничных районах Дальнего Востока и Забайкалья был введён строгий контроль за пребыванием посторонних лиц, проведена тотальная паспортизация, усилена техническая и агентурная охрана границы, центральные и территориальные органы госбезопасности внедрили свою агентуру в разведывательные подразделения Квантунской и Корейской армий. Агентурная работа московской резидентуры была скована тотальным наблюдением за её сотрудниками, выемкой дипломатической почты и дешифровкой радиопереписки военного атташе. Кроме того, в 1937–1938 гг. советское правительство выселило всё корейское население из Приморского края и ликвидировало японские консульства в Одессе, Хабаровске и Новосибирске, что, вопреки утвердившейся точке зрения, было вызвано не столько чистками общества от политически опасных течений, сколько реально существовавшей угрозой агентурного и легализованного проникновения японской военной разведки на объекты её устремлений.
Отрицательное влияние на деятельность японских разведывательных органов также оказывал комплекс накопившихся к середине 30-х гг. внутренних проблем. Во-первых, в системе 2-го управления отсутствовали Центральная разведывательная школа ГШ и Школа агентурных разведчиков Квантунской армии, в которых бы велась целенаправленная подготовка кадров. Во-вторых, агентура имела недостаточно надёжные легализационные документы, устаревшую советскую экипировку, не использовала портативную приёмо-передающую радиоаппаратуру. В-третьих, ядро агентурного аппарата оперативной разведки составляли китайцы и корейцы, которые после массовых депортаций этих национальностей с советского Дальнего Востока испытывали серьёзные проблемы с легализацией.
Прямым следствием недочётов в деятельности военной разведки стало поражение японской армии в сражении на р. Халхин-Гол (1939). Советские органы госбезопасности сумели довести до командования Квантунской армии по каналу «Хатокутё» через харбинское генконсульство фальсифицированную информацию о неготовности 57-го особого корпуса к проведению наступательных операций. Японской специальной радиоразведке не удалось взломать стойкие шифры, использовавшиеся на линии связи «армейская группа – Генштаб». 2-й отдел штаба Квантунской армии вместо анализа поступавшей разведывательной информации занимался решением административных вопросов, а харбинская миссия не имела полномочий для координации деятельности всех разведорганов на халхин-гольском направлении.
Поэтому в 1940–1941 гг. военно-политическое руководство Японии провело комплекс реформ по усилению деятельности разведорганов армии против СССР. На базе харбинской военной миссии было развёрнуто Информационно-разведывательное управление, которое взяло на себя руководство вопросами организации агентурной разведки, подготовки кадров разведчиков и диверсантов, связи со значительно увеличенными в штатах легальными резидентурами в Чите и Благовещенске. За 2-м отделом штаба Квантунской армии осталась функция анализа развединформации. Для взлома советской шифрованной переписки японскими военными атташе в Хельсинки, Берлине и Будапеште было налажено беспрецедентное по своим масштабам сотрудничество с дешифровальными органами стран фашистского блока. Кроме того, после поражения Польши и присоединения стран Прибалтики к СССР ВАТ в Финляндии, Швеции, Германии и Румынии взяли под свой контроль польскую и эстонскую разведывательные сети в нашей стране.
Несмотря на репрессии 1937–1938 гг., советские органы госбезопасности продолжали эффективно противодействовать японской военной разведке. В дополнение к регулярному чтению шифропереписки японских военных атташе в Европе, тотальному наблюдению за установленными сотрудниками легальных резидентур в нашей стране, увеличению плотности и технической оснащённости охраны границы с Маньчжурией, в НКВД СССР с 1938 г. начала действовать сеть станций радиоконтрразведки, которая эффективно контролировала эфир в приграничных районах, пресекая работу радиофицированных резидентур противника, а в 1939–1940 гг. УНКВД по Приморскому краю сорвало попытку японской военной разведки восстановить свою агентурную базу на Дальнем Востоке под видом корейской революционной организации Ли Хайчена.