К осуществлению разведывательных операций на море оба флота привлекали подводные лодки.
Впервые в 1948 г. дизельные американские ПЛ «Си дог» SS-401 и «Блэкфин» SS-322 были направлены в Беренгово море для оценки своих возможностей по получению разведывательной информации о деятельности советских Вооруженных Сил во время маневрирования вблизи советского побережья. На советском Севере одна из первых разведывательных американских миссий окончилась гибелью корабля и нескольких членов экипажа. Это случилось летом 1949 г. с дизельной лодкой «Кочино» (SS-345). В аккумуляторном отсеке лодки произошел взрыв и начался пожар. Несмотря на все усилия экипажа, лодка затонула на глубине триста метров всего в ста милях от побережья Норвегии. Члены экипажа успели перебраться на другую американскую подводную лодку, которая оказалась поблизости. Гибель «Кочино» немедленно стала достоянием прессы, и даже советские газеты прокомментировали инцидент в духе претензий к США относительно "слишком подозрительных маневров американских кораблей поблизости от берегов СССР". Однако о разведывательном характере миссии «Кочино» по обе стороны океана не было сказано ни слова.На Дальнем Востоке, сразу же с развертыванием боевых действий в Корее летом 1950 г., Военно-Морскими Силами США началось ведение корабельной разведки в районах военно-морских баз Советского Союза
. Для этого привлекались, в основном, подводные лодки, реже эскадренные миноносцы. В районе военно-морской базы Порт-Артур в разное время отмечалось появление семи эскадренных миноносцев и одной подводной лодки, а в районе Советского Приморья (Владивосток, Корсаков, залив Посьет, о. Антипенко, мыс Островной, мыс Гамова, Уссурийский залив) подводные лодки обнаруживались 15 раз. В 50-х годах обнаружился всплеск интереса спецслужб к полуострову Камчатка после того, как там началось строительство полигона ракетных войск стратегического назначения «Кура» и космического контрольно-измерительного комплекса. В эти годы всплытие американских подводных лодок в советских территориальных водах отмечалось многократно.При этом, стараясь оправдать нарушения советских вод, в печати появлялись публикации о коварных советских подводных лодках буквально облепивших берега Северной Америки.
В октябре 1954 г. агентство Рейтер заявило о том, будто «за последние 18 месяцев» непрерывно поступают сообщения об активности советских подводных лодок вблизи Тихоокеанского и Атлантического побережья Канады. Естественно это был вымысел, первые дальние походы в Атлантике и Тихом океане советские подводники совершили только в 1955 г., при этом к побережью Северной Америки даже не подходили. А вот американские подводные лодки продолжали ходить в советских водах. В августе 1957 г. в районе Владивостока советские силы ПЛО обнаружили и после преследования, выдворив за пределы своих вод, подняли американскую ПЛ «Гаджен», которая вела разведку в районе главной базы. Впервые с начала холодной войны корабли ВМФ СССР вынудили американскую лодку, находящуюся в советских территориальных водах, всплыть на поверхность и явным образом раскрыть характер своей разведывательной миссии. В начале 1958 г. подобная участь постигла и другую американскую дизельную ПЛ «Вэху».