Неудачи дизельных подводных лодок привели к тому, что их стали все реже использовать в разведывательных операциях, их сменили атомоходы
. С того момента, как ПЛА вошли в состав американского Флота, они стали участвовать в разведывательных операциях у берегов Советского Союза объединенных условным наименованием «Холиустоун» («Надраивать»). В ходе операций, которых, по свидетельству газеты «Чикаго трибюн», за прошедшие годы было около двух тысяч, американские подводные лодки следили за советскими кораблями у берегов СССР, перехватывали сигналы электронных средств и прослушивали сообщения с подводных кабелей. Весьма часто такая деятельность велась в территориальных водах СССР, что являлось нарушением международных законов и соглашений. А как теперь стало известно «…на первом этапе этой разведывательной операции с использованием ядерных подводных лодок США даже вынашивали планы направления их не только в территориальные воды СССР, но и в устье одной из его рек». В марте 1959 г. ПЛА «Скейт» провела картографирование морского дна в советском арктическом секторе, а ПЛА «Сарго» в январе-феврале 1960 г. провела изучение возможности ведения боевых действий подлодок в мелководных районах Чукотского моря. В 1960 г. ПЛА «Скипджек» совершила рейд в глубь Кольского залива и с кратчайшей дистанции наблюдала за испытаниями первой советской ПЛ «Гольф» с БР.В разведывательных операциях участвовали и другие силы США
. Так осенью 1959 г. американское гидрографическое судно «Мори» было послано в советские территориальные воды в Черном море. Его задача состояла в том, чтобы собрать разведывательные данные относительно расположения советских радарных станций на Кавказском побережье и в Закавказье. От Флота не отставала авиация. 31 мая 1960 г. государственный департамент США признал, что самолеты США совершают облеты советских судов. Несколько ранее представитель госдепартамента Уайт, выступая на пресс-конференции, назвал провокационные полеты американских самолетов над советскими судами в открытом море совершенно нормальными мерами предосторожности «для обеспечения безопасности США» и дал понять, что официальный Вашингтон одобряет такие полеты во всех районах мира. А их было немало, только за первые пять месяцев 1960 г. было совершено свыше 250 облетов советских судов в открытом море военными самолетами США.Всплеск активности разведывательных служб на морском направлении был связан с созданием морского компонента ударных сил. США превратили свои ВМС в ведущий вид вооруженных сил,
а океаны и моря в обширные стартовые районы для запуска различных носителей стратегического ядерного оружия, предназначенного для уничтожения важных наземных объектов на территории противника.ВМФ СССР тоже старался отслеживать активность ВМС США
. Иногда это приводило к появлению чрезвычайных происшествий. В 1961 г. ПЛА «Свордфиш» SSN-579 столкнулась с советской ПЛ у побережья Дальнего Востока. Во время разведывательного похода «Свордфиш» около тихоокеанского побережья Советского Союза (находилась на перископной глубине), ее неожиданно тряхнуло от соприкосновения с советской дизельной подводной лодкой пр.613 «С-176», которая отрабатывала курсовые задачи в полигоне боевой подготовки. Советская подлодка всплывала, находясь под днищем американской лодки. К счастью удар пришелся по касательной. «С-176» отделалась вмятиной в легком корпусе. В начале 60-х годов ПЛА «Скипджек» SSN-585 во время разведывательной миссии умудрилась протаранить рубкой корму советского эсминца, который совместно с другими кораблями отрабатывал задачи боевой подготовки в одном из полигонов в Баренцевом море.