На морской коммуникации между Барселоной и Меноркой действовали 3 торпедных катера франкистов — «Badajoz», «Oviedo» и «Requete». Чтобы по ошибке не атаковать гражданские суда третьих стран (в попытке задобрить Великобританию и Францию, чтобы добиться признания прав воюющей стороны), франкисты ограничили действия своих подводных лодок, используя их исключительно против военных кораблей республиканцев. По этой причине они вернули Италии 4 подводные лодки, полученные от нее в четвертом квартале 1937 года.
Борьбой с торговым флотом теперь занималась в основном франкистская авиация, которая почти непрерывно бомбила порты республиканцев на восточном побережье. В период с 25 апреля по 25 июня она атаковала 28 судов третьих стран, потопив 11 из них, причем погибли 17 моряков, а во время июльских налетов на порты были повреждены 7 британских судов.
По сравнению с успехами авиации, действия флота выглядели более чем скромно: 31 мая корабли мятежников задержали советское судно «Каганович», а 3 июля в районе Валенсии советский танкер «Чернов» с грузом 6 тысяч тонн нефти («Canarias»).
Нападения на британские суда вызвали многочисленные запросы в Палате общин. Вынужденный отвечать, премьер Невилл Чемберлен заявил, что правительство не может обеспечить охрану судов, поэтому их владельцы и капитаны сами должны оценивать риск и нести ответственность за принятые решения.
Тем не менее, британское правительство потребовало от Франко объяснений с целью избежать таких нападений в будущем. Национальное правительство в Саламанке заявило в ответ, что британские суда были потоплены случайно и предложило, чтобы в будущем все торговые суда заходили в какой-то один избранный порт, например Аликанте, где может быть создана не подвергающаяся бомбежкам нейтральная зона.
После занятия небольших портов Альфакес, Виньярос и Кастельон-де-ла-Плана, сюда была переброшена часть легких надводных сил. Они перерезали каботажную линию между Барселоной и Валенсией, что поставило под угрозу снабжение центральной и южной областей оружием и материалами, необходимыми для военной промышленности. Ситуацию еще больше ухудшило то обстоятельство, что 13 июня Франция закрыла свою границу с Испанией.
Разделение территории республики в полной мере выявило недостатки в организации командования республиканским флотом. Так, командующий флотом, подчиненный министру обороны (который одновременно являлся премьер-министром), находился в Картахене, тогда как морской генеральный штаб (МГШ), подчиненный начальнику генерального штаба, пребывал в Барселоне.
В оперативном плане начальник МГШ Педро Прадо был подчинен министру обороны, как главнокомандующему вооруженными силами, на равных правах с командующим флотом. Поскольку между ними отсутствовало служебное подчинение, всякое планирование морских и десантных операций носило не директивный, а рекомендательный характер и осуществлялось на основе взаимной договоренности.
Кроме того, министр обороны Хуан Негрин, сугубо штатский человек, был очень мало знаком с морским делом. Поэтому командующий флотом вице-адмирал (бывший капитан-лейтенант) Луис де Убьето всегда мог сбить его с толка и убедить в правильности своих решений, которые часто принимались под влиянием субъективных факторов и нередко шли вразрез с интересами республики. В частности, он утверждал, что не может рисковать, слишком часто посылая корабли в море, поскольку в случае их потери противник на следующий же день окончательно задушит блокадой порты республики.
В результате такого решения корабли стояли в Картахене, подвергаясь бомбежкам, а франкисты почти безнаказанно бороздили воды у восточных берегов Испании. Взгляды Убьето разделял и заместитель начальника МГШ Х. Санчес, сочувствовавший франкистам.
Снабжение Каталонии могло происходить исключительно морским путем, поэтому важнейшей задачей оставалось обеспечение безопасности каботажных коммуникаций. Портами отправления и назначения являлись Барселона и Таррагона (Каталония), Валенсия и Картахена (Альмерия), Маон (остров Менорка) и порты французского побережья.
При МГШ была создана конвойная секция, которая занималась транспортировкой военных материалов. Она располагала 8―10 транспортными судами с военными экипажами. Для обеспечения прохода этих конвоев из состава флота в мае 1938 года была выделена (и непосредственно подчинена начальнику МГШ) флотилия в составе 1―2 подводных лодок и 3 торпедных катеров на постоянной основе и 3―4 эсминцев, временно предававшихся ей для конкретных проводок. Эсминцы были перебазированы в Таррагону, а потом в Барселону.