Правительство выражало готовность продолжать борьбу, однако число сторонников капитуляции неуклонно росло. Под их давлением, а также по совету британского и французского правительств, Хуан Негрин был готов заключить мир на следующих условиях: вывод всех иностранных войск, предоставление испанскому народу возможности самому выбрать политическое устройство страны: отказ от репрессий к участникам гражданской войны.
Однако 13 февраля национальное правительство издало декрет о привлечении к судебной ответственности всех лиц, всех политических и общественных организаций, воевавших на стороне республики. Следовательно, мирные переговоры утратили всякий смысл, не успев начаться.
Для усиления боеспособности армии Негрин решил заменить часть офицерских кадров и обещал поставку большой партии вооружения — 600 самолетов, 600 пушек, 10 тысяч пулеметов. Но французское правительство отказалось пропустить на территорию республики идущее транзитом советское оружие, а 27 февраля совместно с британским правительством оно признало правительство Франко.
В сложившихся условиях лишь немногие руководители республики высказались за продолжение войны, большинство выступило против. Командующий флотом Буиса даже пригрозил, что флот уйдет из испанских вод, если правительство немедленно не начнет мирные переговоры. 28 февраля подал в отставку президент Асанья, что еще более ослабило позиции Негрина. Одновременно сторонники капитуляции организовали антинародный заговор под лозунгом «прекратим напрасное кровопролитие».
4 марта в Картахене вспыхнул антиправительственный мятеж, инспирированный капитулянтами под руководством полковника Арментиа (Armentia). Одновременно в дело вступила пресловутая «пятая колонна», попытавшаяся захватить базу и стоявшие в ней корабли.
Ситуация стала угрожающей после перехода на сторону франкистов 3-го полка береговой артиллерии, которым командовал А. Эспа Руис (А. Espa Ruiz). Однако энергичные действия командующего сектором Картахены Х. Родригеса привели к захвату береговых батарей подразделениями, верными правительству.
Возникшее замешательство использовали для реализации своих пораженческих планов командующий флотом М. Буиса и комиссар флота Б. Алонсо. Действуя в соответствии со своими предыдущими заявлениями, они приказали республиканским кораблям выйти в море. Утром 5 марта порт оставили главные силы эскадры: легкие крейсеры «Libertad», «Cervantes» и «Mendez Nunez», эсминцы «Antequera», «Escano», «Gravina», «Jorge Juan», «Lepanto», «Miranda», «Valdes» и «Ulloa», подводная лодка «С-4» и танкер. На них находились около 2200 военнослужащих и гражданских лиц, в том числе комендант военно-морской базы Картахена, полковник Ф. Галан.
После двух дней бесцельного курсирования в открытом море, 7 марта Буиса привел эскадру в Бизерту, где ее интернировали французские власти. В тот же день подводная лодка «С-2» (которая ушла из Барселоны) сдалась франкистам в Пальме. В Картахене остались неисправные эсминцы «Alsedo», «Churruca», «Galiano», «Lazaga» и «Sanchez», а также 2―3 миноносца.
После ухода эскадры франкисты попытались захватить Картахену посредством высадки там десанта. Днем 5 марта в порт под прикрытием крейсера «Canarias» вошло транспортное судно «Castillo de Olite» с 3500 солдатами на борту. Но к большому удивлению нападавших, береговые батареи, которые уже снова перешли в руки республиканцев, открыли огонь и потопили этот транспорт. Около 600 десантников попали в плен. В тот же день мятеж в Картахене был полностью подавлен.
Иначе развернулись события в Мадриде. Командующий армией «Центр» полковник С. Касадо (S. Casado), подстрекаемый как франкистскими агентами, так и англичанами, 5 марта 1939 года отказался подчиняться правительству. Верные ему части заняли ряд ключевых объектов города.
В ночь с 5 на 6 марта социалист Х. Бестейро (J. Besteiro), который должен был обеспечить политическое прикрытие мятежа, сделал по радио антиправительственное заявление и перечислил состав созданного мятежниками Совета Обороны, который намеревался заключить с франкистами «почетный мир». Для подавления мятежа потребовалось снять с фронта воинские части, из-за чего положение республики стало критическим. В этой ситуации премьер-министр Х. Негрин 7 марта покинул Испанию.
После недели ожесточенных боев мятежники полностью захватили весь Мадрид и 18 марта обратились к Франко с предложением о мирных переговорах. Но франкисты не стали этого делать. Они предпочитали дождаться, пока республиканцы сами перебьют друг друга. Была лишь еще более усилена морская блокада республики.
К тому времени движение судов в республиканских портах практически замерло. Только 11 и 17 марта франкисты задержали британские пароходы «Stangate» и «Stanhope» (вскоре отпущенные вследствие вмешательства британского флота), а 29 марта — французские суда «Ploubazlanec» и «Lezardrieux».