Помимо РЛС, работавших в диапазоне «Си», «Ванденберг» и «Арнольд» имели на борту секретное оборудование для слежения за ракетами, что делало эти суда и их экипажи очень ценными объектами. Структура управления и планы действий в чрезвычайных обстоятельствах в рамках операции «Пони-экспресс» готовились с учетом опыта захвата «Пуэбло», еще свежего в памяти. Учитывая аналогичные риски, штаб Третьего флота разработал легальные планы по обеспечению боевой авиационной поддержки судов «Пони-экспресс» в случае попытки нападения на них. Эти меры предосторожности были специально предусмотрены на случай попыток захвата советскими войсками «Ванденберга» и «Арнольда», которые отслеживали испытания ракет, находясь менее чем в 20 милях от побережья далекой Камчатки.
В операции «Пони-экспресс» принимали участие специально оборудованные самолеты ВВС RC-135, действовавшие со своих баз на Аляске, а также патрульные самолеты ВМС Р-3 и ЕР-3 «Орион», которые вели радио- и радиотехническую разведку, совершая полеты с авиационной базы ВМС на о. Адьяк. На случай чрезвычайных обстоятельств боевая поддержка со стороны ВВС США могла быть оказана истребителями-бомбардировщиками F-4 «Фантом», которые базировались на о. Шемия. Возможные действия «Фантомов» требовали особенно четкого планирования операций по времени и характеру действий в связи с большими расстояниями и необходимостью выполнения дозаправок самолетов в воздухе в случае их вылета на поддержку участников операции «Пони-экспресс».
Во время этих операций потерь в личном составе не было, хотя несколько предпосылок к этому случилось. Однажды на «Арнольде», который оказался в неспокойных водах, полностью пропало электропитание, и он беспомощно дрейфовал несколько часов. Штаб Третьего флота ничего не мог сделать, и если бы судно в штормовую погоду затянуло на скалистые камчатские утесы, то все могло окончиться жутким кошмаром. Корпуса обоих судов были построены на этапе завершения Второй мировой войны, в 1940-х годах были сделаны и их силовые установки. Все действия по «Пони-экспресс» были отработаны как драматический балет и требовали от всех участников операции нахождения с точностью до долей секунды на положенном им месте в готовности к советским испытательным пускам. Обычно штормовые и неприветливые воды северной части Тихого океана оставляли мало места дня ошибок.
Действия в рамках операции «Пони-экспресс» зачастую проводились по уведомлению, которое оставляло мало времени для «раскачки», т.к. уведомления составлялись на основе материалов перехвата разведки и неопубликованных графиков советских испытаний. Косвенно о предстоящих пусках можно было в общих чертах догадываться по увеличенной активности средства связи на обычных пусковых площадках в Капустином Яру, Шары-Шагане и Плесецке, которые находились в западной части СССР. Как координатору разведки Третьего флота по «Пони-экспресс», Питеру Хухтхаузену доводилось частенько летать на дальние точки и инструктировать участников операции; этими точками были атолл Кваджелейн, Адьяк, и даже Панеэте на Французском Таити.
Советские РВСН начали испытательные пуски своих МБР в Тихий океан в начале 1970-х годов, в особенности это касалось новых ракет с увеличенной дальностью пуска типа «СС-18» и «СС-19». Первичной задачей советских испытательных пусков, наряду с менее масштабными исследовательскими и конструкторскими задачами, было стремление продемонстрировать миру, что ракеты большой дальности у СССР действительно есть. Большая часть испытаний представляла из себя эффектное зрелище, наблюдая которое Запад воочию видел, что у СССР есть МБР с разделяющимися боеголовками и дальностью пуска более 6000 миль. О пусках ракет в акваторию открытого океана всегда заранее сообщалось в прессе. Соединенные Штаты подгоняли свои корабли в этот участок океана, проверяли реальность проведения пусков и убеждались в действительных возможностях Советского Союза. Эта комплексная операция служила как советским, так и западным целям. Пуски ракет в акваторию открытого океана привлекали даже больше участников, чем пуски советских ракет на Камчатку.
ВМС США выделили для участия в «Пони-экспресс» два небольших эскортных эсминца класса «Клод Джоунс», прошедших модернизацию. Помимо здоровенной РЛС диапазона «Си», на кораблях установили специальные устройства для сбора объектов с поверхности воды. Предполагалось, что эсминцы будут находиться на конечном участке полета ракет и их столкновения с земной поверхностью; на этом участке с эсминцев должны будут сбрасываться специальные плавучие кольца. Оказавшись в воде, кольца раскроются, и из них вывалится устройство, напоминающее сеть. Подобные устройства предназначались для сбора ценных для разведки обломков спускаемых аппаратов. Такой материал, ценность которого даже невозможно представить, давал разведчикам американских ВМС возможность изучать боеголовки, саму ракету-носитель и ту секцию ракеты, которая несла разделяющиеся боеголовки.