Например, 6 июля руководство Третьего управления НКО докладывало первому заместителю председателя СНК СССР В. М. Молотову о проблемах в организации железнодорожных перевозок, сообщая, что «перевозка войск, вооружения, боеприпасов и других воинских грузов на фронт на ряде железнодорожных дорог систематически срывается». Приводились конкретные данные: в частности, «26 июня с. г. с Кировского (г. Ленинград) завода были направлены на ст. Орша два эшелона танков № 7/3016 и 7/3017. Эти эшелоны несколько дней перегонялись в треугольнике Витебск — Орша — Смоленск и не разгружались. 30 июня эшелон № 7/3016 был в Смоленске, а эшелон № 7/3017 — в г. Витебске. Где эти транспорты находятся в настоящее время, АБТУ сведений не имеет». «На ст. Электросталь под Москвой сосредоточено около 400 вагонов взрывчатых веществ. Окружная дорога не принимает их для направления по назначению. Такое количество взрывве-ществ, находящихся на расстоянии 30 километров от Москвы, создает опасность для города». Фактов в донесении приведено гораздо больше, что свидетельствует об активной работе военных контрразведчиков.
Несколько позже контрразведка обращает внимание на другой аспект железнодорожных перевозок:
«Отмечены случаи, когда при формировании воинских эшелонов на станциях отправления на вагонах краской или мелом указывается станция назначения. Такие действия приводят к разглашению направления передвижения войск». Для недопущения этого работникам особых отделов округов предлагалось при формировании воинских эшелонов «обеспечивать тщательный осмотр вагонов и все надписи, указывающие станцию назначения, уничтожать. В случае обнаружения подобных надписей производить расследование, выявлять авторов и привлекать их к строгой ответственности».
Военным контрразведчикам было известно и то, что «противник довольно точно определяет наши постоянные и действующие запасные аэродромы, зная иногда даже о происходящих на них изменениях. В ряде случаев противнику известно о наличии или отсутствии самолетов-истребителей на аэродроме. На основании этих данных производится бомбардировка наших аэродромов». В этой связи в директиве от 10 июля перед оперативным составом ставилась задача «быть на аэродромах круглые сутки», «выявлять всех лиц, пытающихся проникнуть на наши аэродромы, задерживая подозрительных», «организовать наблюдение на аэродромах за личным составом частей», а также «путем своевременного выявления недочетов и постановки вопросов перед командованием не допускать особенно таких явлений, как скученность самолетов на аэродромах и посадочных площадках, уход личного состава от своих машин, несвоевременное поднятие в воздух из-за задержки в заправке и т. д.».
Не прошло и месяца, как третьим управлениям НКО и НК ВМФ СССР было приказано «сформировать при военно-почтовых сортировочных пунктах, военно-почтовых базах, военно-почтовых отделениях и станциях отделения военной цензуры… Отделениям военной цензуры немедленно приступить к осуществлению гласного политического контроля всей входящей и исходящей переписки частей Красной армии и Военно-морского флота…».
Военной цензуре предписывалось «производить вскрытие и просмотр всей входящей и исходящей корреспонденции по армии и флоту… Подвергать конфискации наряду с антисоветскими, провокационно-клеветническими, шифрованными, кодированными и подозрительными по содержанию письмами также все письма, содержащие нижеследующие сообщения, составляющие военную тайну и не подлежащие оглашению (далее следует подробный список тем, которых никакой здравомыслящий военнослужащий в личных посланиях касаться не будет. —
В августе отделения цензуры были переданы в ведение 2-го спецотдела НКВД СССР, хотя оперативное руководство ими осталось за особыми отделами.
Разумеется, главной задачей для военной контрразведки было противодействие усилиям разведорганов противника. Чтобы оградить тыл действующей армии от проникновения их агентов, на вооружение была вновь взята практика создания заградительных отрядов, которые должны были «тщательно проверять всех без исключения военнослужащих, неорганизованно пробирающихся с фронта в прифронтовую полосу, а также военнослужащих, группами или в одиночку попадающих в другие части». Включенные в состав отрядов оперработники производили опрос всех без исключения задержанных.
В общественное сознание «внедрен» образ пулеметчиков в синих фуражках, кинжальным огнем встречающих почти безоружные истерзанные подразделения, дрогнувшие под натиском неисчислимого противника… Но вот что осенью 1941 года начальник 3-го отдела Балтфлота докладывал о том, как созданный при отделе заградотряд боролся с перебежчиками: