В кампании 1813 года Мортье вновь командовал воссозданной Наполеоном Молодой гвардией. Во главе ее он доблестно сражался под Лютценом, Бауценом, Дрезденом, Вахау, Лейпцигом и Ганау. Особую доблесть он проявил в Лютценском сражении [2 апреля (2 мая) 1813 года]. В декабре 1813 года Наполеон поручил Мортье командование двумя дивизиями Старой Императорской гвардии, во главе которых он и провалил кампанию 1814 года. Участвовал в сражениях при Бар-сюр-Об, Монмирайле, Реймсе, Краоне и Лаоне. 13 (25) марта 1814 года, следуя вместе с 6-м корпусом маршала О. Мармона на соединение с главными силами Наполеона, был внезапно атакован многократно превосходящими силами союзников. В завязавшемся при Фер-Шампенуазе сражении маршалы были разбиты и отброшены к Парижу. В Парижском сражении [18 (30) марта 1814 года] оба маршала безуспешно пытались отразить штурм французской столицы, предпринятый союзными армиями. После упорного сопротивления, исчерпав все возможности, Мармон, возглавлявший оборону Парижа, был вынужден сдать город. 19 (31) марта Париж был занят союзными войсками.
После отречения Наполеона Мортье перешел на службу к Бурбонам. Король Людовик XVIII назначил его командующим 16-м военным округом (16-я дивизия, Лилль), пэром Франции и наградил орденом Св. Людовика (июнь 1814 года).
Когда бежавший с острова Эльба Наполеон высадился во Франции, король поручил Мортье возглавить Северную армию. Очень быстро убедившись в ненадежности войск, маршал убедил прибывшего в Лилль Людовика XVIII покинуть город.
После бегства короля в Бельгию (Мортье сопровождал его до границы) вернулся в Париж и примкнул к Наполеону. Когда Мортье прибыл в Тюильри и предстал перед Наполеоном, тот, уже хорошо осведомленный о трогательном прощании маршала с королем Людовиком XVIII на бельгийской границе, с застывшей на лице сардонической усмешкой обратился к вошедшему в его кабинет маршалу: «А вот и вы, господин “белый”!». Услышав из уст императора такой «комплимент», сразу всколыхнувший в его памяти уже почти забытую лексику времен якобинского террора, Мортье буквально оторопел. На такую встречу с Наполеоном он явно не рассчитывал. Маршал уже был готов к самому худшему. Но тут металл в голосе императора внезапно пропал, и взгляд его заметно потеплел. Заметив замешательство Мортье, и, видимо, вполне удовлетворившись произведенным эффектом, он быстро сменил интонацию и, как ни в чем не бывало, сразу же перешел к делу. «Мой храбрый Мортье!» — обратился к нему Наполеон. У «храброго Мортье», как говорится, отлегло от сердца, и он с готовностью принял предложение императора вновь поступить к нему на службу.
Император назначил Мортье пэром Франции и командующим гвардейской кавалерией (соответственно 2 июня и 8 июня 1814 года). Однако от участия в кампании 1815 года, которая началась через несколько дней, Мортье уклонился, сказавшись больным. Тогда, отправляясь из Парижа к армии, Наполеон поручил ему охрану северной и западной границ Франции, но в исполнение этой должности Мортье так и не вступил. Словом, никакого участия в событиях «Ста дней» маршал не принял.
При 2-й Реставрации Бурбонов за переход на сторону Наполеона был лишен звания пэра.
Назначенный членом военного суда над маршалом М. Неем вместе с некоторыми другими судьями заявил о неправомочности и незаконности такого суда и отказался от участия в нем. Тем не менее Бурбоны восстановили Мортье на военной службе. В январе 1816 года он был назначен командующим 15-м военным округом (15-я дивизия, Руан). В том же году избран членом Палаты депутатов французского парламента, в котором заседал до конца 1818 года.
В 1819 году восстановлен в звании пэра Франции, а в 1828 году стал членом Высшего военного совета. В 1820 году был награжден командирским крестом ордена Св. Людовика, в 1825-м — орденами Св. Духа и Св. Михаила.
После Июльской революции 1830 года король Луи Филипп назначил Мортье послом в Россию (декабрь 1830 года) и Великим канцлером ордена Почетного легиона (1831).
По возвращении из России он назначен председателем Совета министров и военным министром. Пост главы правительства занимал всего лишь 3 месяца (18 ноября 1834 года — 20 февраля 1835 года).