Удовлетворенный успешными действиями Сен-Сира в Каталонии Наполеон приказал ему овладеть сильными испанскими крепостями Таррагона, Тортоса и Жерона (Герона). Решение этой задачи при имеющихся в распоряжении Сен-Сира силах было весьма проблематично. Налицо был факт переоценки Наполеоном реальных возможностей 7-го корпуса. Основное содержание тактики, которую Сен-Сир применил в Испании, сводилось к тому, что свои главные усилия он сосредоточил в первую очередь на разгроме крупных группировок войск противника. В своих расчетах он исходил из того, что разбитый на поле боя противник, как правило, в ходе отступления, которое чаще всего походило на беспорядочное бегство, рассеивался на мелкие группы, а затем быстро собирался вновь. Если ему даже и не удавалось полностью восстановить свою боеспособность, то все равно беспрерывными нападениями отдельных отрядов, осуществляемыми на обширной территории, он изматывал французские войска и держал их в непрерывном напряжении. Поэтому Сен-Сир обычно не преследовал разбитого в сражении неприятеля, считая это совершенно бесполезным делом, а специально давал ему возможность как можно быстрее собрать свои силы, чтобы затем разгромить его в новом сражении. Такой способ действий показал свою довольно высокую эффективность и позволил Сен-Сиру прочно удерживать инициативу в ведении боевых действий. Однако сил для выполнения поставленной императором задачи ему явно не хватало. Их не хватило даже для овладения одной Жероной, где Сен-Сир сосредоточил свои основные усилия, ограничившись лишь наблюдением за остальными крепостями. Так прошло много месяцев, но реальных успехов в этой затяжной и изнурительной борьбе не было. В конце концов терпение Наполеона лопнуло, он обвинил Сен-Сира в пассивности и отстранил от командования 7-м корпусом (сентябрь 1809 года). Но преемник Сен-Сира не спешил с прибытием в Испанию, видимо, понимая, что особых лавров там не пожнешь. Безуспешно прождав его довольно длительное время, Сен-Сир сдал командование корпусом старшему после себя генералу и самовольно уехал в Париж. Таким поступком он навлек на себя гнев Наполеона. Наказание последовало незамедлительно: император приказал уволить Сен-Сира в отставку и назначить ему пенсию в половинном размере.
Более двух лет Сен-Сир находился не у дел, проводя время главным образом в своем поместье Реверсо и лишь изредка появляясь в Париже. В это время он занимался в основном работой над военно-историческими трудами, посвященными периоду Революционных войн. Но в феврале 1812 года, готовясь к войне с Россией и нуждаясь в способных и опытных генералах, Наполеон снова приглашает Сен-Сира на службу и назначает его командиром 6-го корпуса Великой армии, предназначенной для вторжения в Россию. 6-й пехотный корпус назывался баварским, так как укомплектован был в основном Баварцами.
Сменив гнев на милость, Наполеон приказал вернуть Сен-Сиру все недоданные за время его отставки деньги.
Во главе 6-го корпуса Сен-Сир участвовал в войне 1812 года с Россией. Сначала его корпус находился в составе главных сил Великой армии, возглавляемых лично Наполеоном, но в начале августа 1812 года был направлен на помощь 2-му пехотному корпусу маршала Н. Удино, составлявшему левое крыло армии и действовавшего в районе Полоцка против русского корпуса генерала П. Х. Витгенштейна. Участвовал в первом сражении под Полоцком [5—6 (17—18) августа 1812 года]. После того как маршал Удино выбыл из строя вследствие тяжелого ранения в первый же день сражения, Сен-Сир принял главное командование над корпусами и, воспользовавшись моментом, решил доказать Наполеону, на что он способен. Отдав войскам приказ об отступлении и вытянув все обозы на виленский тракт, он 6 (18) августа неожиданно контратаковал во фланг уже перешедших к преследованию русских. Контратака была настолько стремительна, что только лишь высокая стойкость и мужество русских войск спасли их от полного разгрома.