Кампания в Верхнем Египте продолжалась более 9 месяцев (с августа 1798 года по май 1799 года). Все это время Дезе, располагавший весьма ограниченными силами (до 3 тыс. человек с 2 орудиями), неутомимо гонялся за неуловимым Мурад-беем, имевшим многократное численное превосходство (свыше 10 тыс. человек). Не давая противнику ни малейшей передышки, французы проводили многочисленные рейды с целью разгрома его отдельных группировок, отрядов или баз, усмирения взбунтовавшихся населенных пунктов или районов. Стычки с небольшими отрядами противника происходили постоянно. В ходе этой напряженной и изнурительной борьбы Дезе с непоколебимым упорством и настойчивостью решал поставленные перед ним задачи. Наиболее крупные бои в ходе этой кампании произошли под Седиманом (7 октября 1798 года), Самхудом (22 января 1799 года) и Абиудом (8 марта 1799 года). Все они закончились разгромом мамлюков, несмотря на их подавляющее численное превосходство. К концу мая 1799 года основные силы мамлюков были уничтожены, и покорение Верхнего Египта завершено. Мурад-бей был вынужден прекратить сопротивление, изъявить покорность и признать установление французского правления в Египте.
За время своего пребывания на юге Египта Дезе показал себя умелым и умным военным администратором. Управляя завоеванным краем, он снискал не только признательность, но и уважение местного населения, называвшего его «султаном Эль-Адель» (справедливый правитель).
Боевые заслуги Дезе во время Египетского похода получили высокую оценку со стороны Наполеона Бонапарта, приславшего ему драгоценную саблю при очень лестном письме. Покидая 24 августа 1799 года Египет, Бонапарт в числе наиболее близких к нему генералов намеревался забрать с собой и Дезе. Однако ввиду поспешности отъезда, подготовка к которому проводилась в строжайшей тайне и в очень ограниченное время, своевременно вызвать Дезе из Верхнего Египта не представлялось возможным. Поэтому Бонапарт передал своему преемнику на посту главнокомандующего Восточной армией генералу Ж. Клеберу просьбу отправить Дезе во Францию при первой же возможности. Такая возможность появилась только после заключения Клебером Эль-Аришского договора с Турцией (24 января 1800 года) о перемирии и последующей эвакуации французских войск из Египта на почетных условиях. Но Англия отказалась признать этот договор, и под ее давлением турки разорвали его.