Хотя Пожарский по-прежнему оставался главным воеводой ополчения, однако будучи человеком, приверженным старым порядкам, в земском совете он сам усадил на первые места более знатных, по его мнению, людей. Теперь на грамотах, рассылаемых из Ярославля по городам, первая подпись принадлежала боярину Василию Петровичу Морозову, который в бытность казанским воеводой присягнул Тушинскому вору, вторая — боярину князю Владимиру Тимофеевичу Долгорукому, незадолго до того оставившему лагерь семибоярщины, третья — окольничему Семёну Васильевичу Головину, одному из тех, кто впустил польский гарнизон в Кремль. Четвёртым подписывался князь Иван Большой Никитович Одоевский, недавно пустивший де Ла-Гарди в Новгород и присягнувший шведскому королевичу. Теперь и он поспешил в Ярославль. Пятым — князь Василий Пронский, оставивший ополчение под Москвой вместе со своими ратниками из поморских городов. Шестым подпись ставил князь Фёдор Фёдорович Волконский-Мерин, который в своё время деятельно участвовал в свержении Шуйского и пострижении его в монахи. Седьмая подпись принадлежала воеводе Матвею Плещееву, восьмая — князю стольнику Алексею Михайловичу Львову, девятая — воеводе чашнику Мирону Андреевичу Вельяминову-Зернову, которого в бытность владимирским воеводой горожане забросали каменьями за верность самозванцу. Все эти люди руководили ратными отрядами в первом ополчении, но после убийства Ляпунова покинули подмосковный лагерь.
Князь Дмитрий Михайлович Пожарский подписывался лишь десятым, а Козьма Захарович Минин — пятнадцатым. Впрочем, из-за неграмотности Минина расписывался за него сам Пожарский: «В выборного человека всею землёю, в Козьмино место Минина князь Пожарский руку приложил».
Десятое и пятнадцатое места не были уничижительными для главных вождей ополчения: ведь следом за Мининым в грамотах стояли ещё тридцать четыре подписи, в том числе князей Долгорукого и Туренина, Шереметевых, Салтыкова, Бутурлина. Будучи человеком скромным, Пожарский не желал выпячиваться сверх меры, но в то же время строго блюл достоинство и своё, и своего ближайшего помощника — простого посадского человека — Минина.
Заботясь об укреплении нового земского правительства, Пожарский стремился к расширению в нём представительства не только знати, но и лучшее людей из всех других сословий. В своих грамотах в города он писал:
Правительство для управления страной учредило приказы. Монастырский приказ, призванный собирать налоги с монастырей, возглавил судья Тимофей Витовтов, человек безупречной репутации, получивший чин думного дьяка ещё из рук Прокопия Ляпунова. Приказ Казанский дворец, управлявший поволжскими землями, возглавил дьяк Афанасий Евдокимов, также до того служивший в первом ополчении.
Позднее были организованы новые приказы — Поместный, занимавшийся раздачей земель оскудевшим дворянам, и Новгородская четверть, ведавшая делами северо-западных земель.