В обстановке полного господства японцев в воздухе союзникам было очень трудно организовать и вести разведку. В то же время противник имел полные данные о всех передвижениях кораблей АБДА, В результате этого силы объединенного командования не могли успешно противостоять наступлению японцев и часто были вынуждены отступать под воздействием авиации противника, когда цель была уже близка. Однажды командование, неверно поняв донесение разведки, отправило голландские корабли на запад. Воспользовавшись этим, японские силы при поддержке авианосцев "Сорю" и "Хирю" и двух линейных кораблей захватили Амбоину - крупнейшую морскую базу голландцев на правом фланге. Вскоре после этого японцы заняли Кендари в юго-восточной части острова Целебес и захватили временно находившиеся там самолеты с двух авианосцев. Укомплектовав эти самолеты своими экипажами, японцы 3 января бомбардировали Сурабайю - основную базу союзников на Яве и вывели из строя большинство голландских истребителей, которые располагались на близлежащих аэродромах.
К этому времени закончилось конвоирование судов в Сингапур для усиления его гарнизона, и теперь силы флота АБДА пополнились кораблями, ранее занятыми проводкой конвоев. Это были два американских крейсера - "Хаустон" и "Марблхед", четыре американских эсминца, два голландских крейсера - "Де Рейтер" и "Тромп" и три голландских эсминца. Командование этими силами было возложено на голландского контр-адмирала Доормана. При бомбардировке Сурабайи эти корабли не пострадали, но когда на следующее утро Доорман вышел с ними для атаки японских кораблей и транспортов, которые, по сведениям разведки, сосредоточились в порту Баликпапан, их обнаружила японская авиация, В проливе Мадура корабли подверглись мощному налету с воздуха. На крейсере "Хаустон" авиабомбой была выведена из строя кормовая башня, а крейсер "Марблхед" был настолько тяжело поврежден, что его пришлось отправить на ремонт в США.
Вскоре эскадре Доормана была поставлена задача оказать помощь крупному порту Палембаиг на восточном берегу острова Суматра. Когда он с 5 крейсерами и 10 эсминцами 13 февраля подошел к острову Банка, авиация противника атаковала его корабли. Ни один корабль прямого попадания не получил, однако от близких разрывов бомб и сильного сотрясения корабли серьезно пострадали, и Доорман принял решение вернуться.
В середине февраля адмирал Харт передал командование флотом АБДА голландскому вице-адмиралу Хэлфричу и вернулся в США, оставив в качестве представителя США в АБДА адмирала Глассфорда. 15 февраля пал Сингапур, и японцы готовились сомкнуть клещи вокруг Явы, предварительно ослабляя оборону острова ежедневными бомбардировками с воздуха.
Доорман только что вернулся с эскадрой от острова Банка, когда поступило донесение, что японцы начали высадку десанта на остров Бали, расположенный у восточной оконечности Явы. Доорман решил уничтожить японские транспорты, пока те не успели уйти, но, поскольку его корабли были рассредоточены в портах Сурабайя и Чилачап, было решено нанести противнику три последовательных удара. Флот АБДА имел количественное преимущество, но в рассредоточенном виде его корабли ничего добиться не могли. В ночной атаке 19 февраля один голландский эсминец был потоплен, а крейсер "Тромп" получил очень тяжелые повреждения, не причинив японцам никакого ущерба.
К этому времени Ява почти целиком оказалась изолированной, и японцы были готовы лишить остров последней связи с Австралией, Для этого они захватили остров Тимор, через который союзники перебрасывали на Яву самолеты из Австралии, а затем авианосцы адмирала Нагумо произвели налет на Дарвин главный порт Северной Австралии. Японские самолеты потопили более десятка транспортов, стоявших в гавани, и американский эсминец "Пири". Кроме того, они серьезно повредили причалы и склады. С этого дня порт Дарвин как военно-морская база перестал существовать.
Бой в Яванском море
Убедившись в тщетности дальнейшей обороны Явы, генерал Уэйвелл 25 февраля покинул остров. Объединенное командование перестало существовать, но голландцам было поручено координировать оборону острова и сделать все возможное. В это время японцы готовились к последнему штурму Явы. На северо-западе, у островов Анамбас, ждала сигнала эскадра контр-адмирала Одзава в составе 56 транспортов, охраняемых эскортными кораблями. К северо-востоку от Явы, в Макассарском проливе, находилось соединение контр-адмирала Нисимура с 41 транспортом и группой кораблей прикрытия.
Адмирал Доорман после двухдневного патрулирования вдоль северного побережья Явы с задачей помешать японцам высадить десант вернулся 27 февраля в Сурабайю для пополнения запаса топлива и для отдыха. Он сразу же получил донесение о том, что к западу от острова Бавеан обнаружены японские транспорты. Экипажи кораблей сильно устали, но не оставалось ничего другого, как снова выйти в море и принять последний бой.