В сентябре 1939 года Дениц был вынужден начать войну, располагая лишь горсткой подводных лодок вместо 300, которые он считал минимально необходимыми. Тем не менее лодка из состава этой горстки - "U-30" торпедировала пароход "Атения" в первый же день войны, что говорило о намерении немецкого командования снова вести неограниченную подводную войну. Это моментально рассеяло колебания английского адмиралтейства в отношении целесообразности принятия системы конвоев. 26 августа адмиралтейство приняло на себя функцию контроля за всем английским судоходством, Сразу же после потопления "Атении" были отданы распоряжения об организации на основных маршрутах движения судов в конвоях со скоростью хода от 9 узлов до 14,9 узла. Суда, скорость хода которых выходила за эти пределы, могли совершать переходы в одиночном плавании. Позднее, в ходе войны, тихоходные суда также включались в конвои, переходившие со скоростью шесть-семь узлов. Дальность плавания эскортных кораблей позволяла обеспечить охранение судов в зоне, ограниченной меридианом 15° з. д. и параллелью 47° с. ш. для конвоев, направлявшихся в Гибралтар и в Сьерра-Леоне. Вдоль английского восточного побережья конвои успешно проходили в течение всей войны, и средние потери судов здесь не превысили одной десятой процента. В октябре система конвоев была введена и на переходе между Англией и Норвегией, причем потерь на этой линии не было вплоть до оккупации Норвегии немцами. Проходу немецких подводных лодок через Дуврский пролив препятствовал созданный англичанами минный рубеж.
Все эти меры давали значительно большие результаты по сравнению с так называемыми наступательными действиями против немецких подводных лодок. 14 сентября авианосец "Арк Ройял", выполнявший задачу противолодочного патрулирования, едва не был торпедирован подводной лодкой. Через три дня немецкая подводная лодка "U-29" потопила авианосец "Корейджес" водоизмещением 22500 т, патрулировавший у ирландского побережья в сопровождении явно недостаточного числа эскортных кораблей. Помня о мифическом успехе минного заграждения в Северном море в годы Первой мировой войны, англичане намечали теперь снова создать такой рубеж, на этот раз между Исландией и Шотландией. Мины были поставлены здесь после оккупации немцами Норвегии, однако на них подорвалась и затонула лишь одна немецкая лодка.
Немцы тоже активно использовали минное оружие. Они ставили минные заграждения на входных фарватерах гаваней, в устьях рек и в мелководных районах Ла-Манша и Северного моря, используя для этого авиацию, надводные корабли и подводные лодки. Как правило, это были магнитные мины, не поддающиеся тралению обычными методами. 23 ноября 1939 года англичанам удалось поднять немецкую магнитную мину, сброшенную самолетом на илистую банку в устье Темзы. Специалисты раскрыли принцип действия мины, что позволило англичанам разработать новый метод борьбы с ними - посредством горизонтально располагаемого вокруг каждого корабля или судна электрического кабеля. Это приспособление, известное под названием "размагничивающий кабель", в известной мере уменьшило эффективность минного наступления немцев. Тем не менее постановкой мин в течение первых четырех месяцев войны немцам удавалось нарушать прибрежное судоходство англичан. За этот период на минах подорвалось 79 торговых судов, общий тоннаж которых составил 262698 т, причем почти все эти суда пострадали, находясь в одиночном плавании.
Тем временем конвои продолжали совершать переходы. Общий тоннаж потопленных немецкими подводными лодками судов союзных и нейтральных стран (41 судно) в сентябре составил 153879 т. Все эти суда переходили вне конвоев и без охранения. К концу 1939 года переходы в составе конвоев совершили 5756 судов, из которых было потоплено только 12 (только четыре из них явились жертвами подводных лодок). За этот же период было потеряно 102 судна из числа тех, которые находились в одиночном плавании. Немцы потеряли при этом девять подводных лодок, что составило почти одну треть их подводных сил. После войны Дениц заявил, что "зимой 1939/40 года на выполнении боевых заданий в море никогда не находилось одновременно более 10 подводных лодок, а иногда их было не больше двух".