Армия вновь разделилась: половина гетайров, гипасписты, агриане, лучники и самые выносливые пехотинцы под командой царя устремились к Мараканде, которую вновь осадил Спитамен, а остальное войско во главе с Кратером двинулось в том же направлении, но медленнее (в самом деле, не так-то просто преодолеть расстояние в 1500 стадий — около 265 км — за три дня с обозом и осадными машинами). У Мараканды Спитамена не оказалось: он снова отступил в пустыню, к скифам-массагетам. Царь устроил в Мараканде ставку и, дождавшись прибытия Кратера, повел планомерное истребление населения Согдианы.
На это ушел весь 329 год. Ближе к зиме Александр оставил в Мараканде стратега Певколая с 3000 пехоты и повел армию на зимовку в Бактры — куда к нему прибыли послы от скифов-саков и племени хоразмиев, предложившие заключить «пакты о ненападении». Это предложение было охотно принято, поскольку партизанская война в Согдиане и Бактрии продолжалась и любой союзник, пускай даже номинальный, в этой ситуации был ценен хотя бы тем, что гарантировал относительную стабильность положения в окрестных землях.
Весной 328 года Александр возвратился в Согдиану, оставив усмирять Бактрию Полисперхонта. Свою армию он па сей раз поделил на шесть отрядов, первым из которых командовал сам, а командование другими доверил Гефестиону, Пердикке, Птолемею, Кену и персу Артабазу. Царский отряд двинулся к Мараканде, остальные пять повели наступление на иные опорные пункты согдийцев.
Второе «замирение» Согдианы было не менее жестоким, чем первое. Арриан упоминает, что царь позднее поручил Гефестиону заселить согдийские города, из чего можно сделать вывод, что в результате карательных экспедиций Александра страна фактически обезлюдела. Постепенно сопротивление македонянам сходило на нет, только Сингамен, остававшийся у скифов, время от времени устраивал набеги на македонские гарнизоны. В одном таком набеге, на город Зариаспа, он столкнулся с отрядом Кратера, подошедшим из Бактрии, в стычке был разбит, потерял до 200 конников и вновь бежал в пустыню. Зимой 328/327 г. Спитамен попытался завладеть крепостью Габы, у которой его настиг Кен. В битве погибло до 800 скифских конников, причем часть согдийцев и бактрийцев, до той поры поддерживавших Спитамена, перебежала к македонянам. А вскоре скифы предали Спитамена: как рассказывает Арриан, массагеты убили своего союзника и отправили его голову Александру, чтобы отвратить македонского царя от вторжения в их земли.
С гибелью Спитамена «партизанское движение» в Согдиане резко пошло на убыль. Север и центр земли, «богатой людьми и стадами», как сказано о Согдиане в «Авесте», оказались в руках македонян. Последние очаги сопротивления оставались на юге, в горных районах.
Регулярной армии у скифов, разумеется, не было, и быть не могло, учитывая кочевой образ жизни и неразвитость общественно-экономических отношений. С другой стороны, каждый, способный носить оружие, независимо от возраста и пола, считался у них воином.
Главную силу скифского войска составляла конница. Сакские и бактрийские всадники приобрели известность у греков еще в начале V в. до н. э.; по словам Геродота, и те и другие участвовали в походе персидского царя Ксеркса на Элладу. Как правило, скифская конница атаковала лавой и часто использовала прием ложного отступления для заманивания противника. Кроме того, к числу тактических приемов можно отнести нападение малыми (как сказали бы сегодня, мобильными) группами с подводом резервов, преследование отступающего врага (греки не преследовали побежденных) и «сдвоенную атаку», когда на каждой лошади сидят двое и при соприкосновении с противником один соскакивает и ведет бой пешим, а другой — конным.
Конница делилась на легкую и тяжелую. Последняя отличалась, прежде всего, наличием конских защитных доспехов, вполне возможно, заимствованных у народов Средней Азии индийцами и китайцами. Сами всадники также носили доспехи — шлемы, панцири, поножи; вооружены они были луками (легкая конница), обоюдоострыми боевыми секирами —
Вооружение пехоты составляли те же луки, пращи, сагарисы, короткие (