Восстановление разрушенного в годы Смутного лихолетья государственного управления, несмотря на благоприятное разрешение в феврале 1613 г. династического вопроса было затруднено продолжающейся интервенцией со стороны Польского-Литовского государства и Швеции. После освобождения Москвы и избрания на российский престол Михаила Федоровича Романова последовала еще большая эскалация военного конфликта с этими государствами, которых считали себя обманутыми в надеждах на подчинение Московской Руси.
Продолжающаяся война требовала восстановления военной организации страны, больших финансовых и материальных издержек со стороны нового правительства. Вскоре после воцарения М.Ф. Романова была осуществлена массовая рассылка воевод по городам (в 1614–1615 гг. воеводы были назначены в 120 городов, включая и города Центральной России, где раньше их не было). Все они получили письменные наказы, согласно которыми вместе с назначенными им в помощь осадными и стрелецкими головами должны были осмотреть и исправить укрепления своих крепостей, переписать военное имущество и годных к военной службе ратных людей, собрать тех из них, которые «в разорение» разбежались из своих городов, сформировав из них новые воинские подразделения.
Для обеспечения регулярной выплаты денежного жалованья военнослужащим правительству пришлось пойти на введение чрезвычайных налогов — сбора с населения т. н. «пятой деньги». Санкцию на это давали остававшиеся в Москве участники действующего на постоянной основе Земского собора 1613–1615 гг. Уже в 1614 г. избранные «всей землей» люди принимают приговор о сборе в стране «пятой деньги» (первой «пятины»); в 1615 г. — о сборе второй «пятины». Материальное обеспечение находящихся на государевой службе ратных людей было особой заботой следующего Собора (1616–1618 гг.). С этой целью в марте 1616 г. соборные люди принимают решение о сборе третьей «пятины» (в отличие от чрезвычайных сборов 1614 и 1615 гг. взимавшейся уже не представителями центральной власти, а выборными с мест — тем самым правительство пыталось избегнуть злоупотреблений, совершаемых приезжими сборщиками; с этой же целью в каждом уезде заранее определялась подлежащая сбору сумма денег), в июне 1617 г. — четвертой, а в апреле 1617 г. — пятой, хотя в царской грамоте в Тотьму от 11 апреля 1617 г. не было ссылок на соборное решение, а указывалось лишь на боярский приговор. Чрезвычайные налоги собирались и впоследствии. Именно с помощью этих мероприятий правительству удалось сравнительно быстро восстановить почти полностью разрушенную в Смутное время военную организацию государства.
После освобождения Москвы, несмотря на тяжелое состояние русского войска, русское правительство попыталось освободить захваченные врагом западные города, используя имевшиеся в его распоряжении земские ополченские и казачьи войска. Первоначально военные действия складывались для русского оружия удачно. На северо-западе страны в июне 1613 г. отряд князя С.В. Прозоровского и Л.А. Вельяминова освободил Тихвин. Но предпринятое в конце 1613 — начале 1614 г. русским войском под командованием Дмитрия Тимофеевича Трубецкого и Даниила Ивановича Мезецкого наступление на Новгород закончилось тяжелым поражением под селом Бронницы, расположенным в 30 верстах от Новгорода на реке Мсте. Подошедшее сюда в апреле 1614 г. войско Трубецкого устроило рядом с Бронницами, в месте впадения в р. Мста речки Глушница, острожек, другое такое же укрепление было воздвигнуто за Мстой. Московская рать, составленная в основном из ополченцев, в полной мере унаследовала достоинства и главные недостатки земской рати: прежде всего слабую дисциплину, настороженность в отношениях между дворянами и казаками и порочную практику удовлетворения своих потребностей в припасах за счет местного населения («Бяше же у них в рати нестроение великое и грабеж от казаков и ото всяких людей»). «Нестроением» в русском войске не замедлил воспользоваться Делагарди. 14 июля 1614 г. шведы атаковали полки Трубецкого, разбили их и блокировали русский лагерь, в котором вскоре начался голод. Узнав о поражении, царь Михаил Федорович велел Трубецкому отступить к Торжку. При прорыве из окружения русские понесли большие потери. Среди попавших в плен оказались казачьи атаманы Чаадай Степанов, Данила Мальцев, Степан Беляев, Семен Балака. После поражения под Бронницами русские гарнизоны оставили города Старую Руссу и Порхов.
Воодушевленные победой шведы 10 сентября 1614 г. взяли Гдов и предприняли ряд попыток взять Псков, осаду которого возглавил сам шведский король Густав II Адольф. В составе шведского войска в военных действиях участвовали отряды новгородских дворян: Никиты Калитина (при шведах находившегося на воеводстве в г. Ямбурге) и И.А. Мещерского (получившего назначение воеводой в Порхов). Во время псковской осады 1615 г. при короле находились также С. Муравьев, И.И. Одоевский (сын новгородского воеводы) и другие русские служилые люди.