Главным событием второго этапа (вторая половина XVI в.) стали военные реформы Избранной рады. Важным результатом их осуществления явилось упорядочение службы поместного ополчения Уложением 1555/1556 г. Однако временный характер службы дворянского ополчения перестал устраивать правительство, поэтому оно начинает формирование «приборных» стрелецких и казачьих «приказов» и сотен, размещенных в качестве постоянных гарнизонных войск по городам Московского государства. В военное время лучшие из них включались в состав полевых армий, усиливая огневое прикрытие дворянских сотен. Тогда же было упорядочено управление вооруженными силами, в дополнение к Разрядному и Поместному приказами, созданы Стрелецкий, Пушкарский, Бронный, Каменных дел и другие приказы. На этом этапе правительство приступило к покорению Казанского и Астраханского «царств», позднее началось продвижение русских войск на Северный Кавказ, в Западную Сибирь, была предпринята попытка завоевания Ливонии и Полоцкой земли, шла ожесточенная борьба с крымскими и ногайскими набегами.
На третьем этапе (первая половина XVII в.), начало которого совпадает с эпохой Смутного времени, внутренние усобицы и выступления социальных низов ослабили Московское государство и русскую армию. Необходимость надежного устройства вооруженных сил стала особенно актуальной в условиях частых военных поражений того периода. Разгром лучших войск и потеря важнейших крепостей на западных и северо-западных рубежах, разрушение засек на южных границах вынуждали московское правительство приступить к поиску новых путей развития вооруженных сил страны. В борьбе с врагом власти вынуждены были прибегнуть к помощи земских ополчений, но после преодоления кризиса приступили к восстановлению старой разрядной армии. Но, возрождая привычные формы войсковой организации, обращаясь в случае необходимости за содействием к вооруженному народу, власти стремились использовать и европейский военный опыт. В 1630 г. для участия в приближающейся войне с Речью Посполитой (Смоленская война 1632–1634 гг.) началось формирование первых полков солдатского, рейтарского и драгунского строя. Неудачный исход этой войны не изменил выбранного правительством курса, направленного на создание мощной регулярной армии, однако тяжелое финансовое положение вынуждало власти использовать в военное время все наличные силы: поместное ополчение и «приборные» войска, полки нового строя, отряды «даточных» посадских и уездных людей, а в случае неприятельского вторжения на русскую территорию — всего вооруженного населения.
Несмотря на появление новых войсковых разрядов, ядром вооруженных сил Русского государства на протяжении всего рассматриваемого периода оставалось поместное конное войско. Все остальные ратные люди (стрельцы, казаки, пушкари, служилые иноземцы), мобилизованные посошные и даточные люди в походе распределялись по дворянским полкам, усиливая их боевые возможности. Такое устройство вооруженных сил подверглось реорганизации лишь в середине XVII в., когда были сформированы полки «нового строя», действия которых в составе полевых армий отличались известной автономностью. Показательно, что во второй половине XVII в. меняется и структура московской армии — главным и решающим родом войск становится пехота.
Комплектование вооруженных сил осуществлялось в виде верстания или прибора служилых людей. В первом случае происходило пополнение поместного войска. В необходимом случае в уездах проводился смотр служилых и неслужилых новиков, проверялось их вооружение, количество приведенных с собой боевых холопов, собиралась информация о происхождении и имущественном положении. После этого каждому дворянину или сыну боярскому назначалось определенное поместное и денежное жалованье. При обработке сведений об организации поместной службы был сделан вывод о том, что единая норма верстания служилых людей «по отечеству» в Московском государстве так и не была введена. Величина поместных окладов и дач зависела не в последнюю очередь от численности служилых людей и наличия свободной земли в том или ином уезде. Разнились даже «новичные» оклады. Учитывая вышесказанное, мнение П.П. Епифанова о существовании в масштабах всей страны единой нормы верстания дворян и детей боярских следует признать излишне категоричным. В случае необходимости корпорации городовых детей боярских пополнялись за счет испомещения приборных людей. Известен был и один случай массового верстания поместными окладами служилых казаков. Он произошел в 1585 г. в Епифани, когда из них набрали 300 новых детей боярских, испомещенных в Епифанском уезде «дачами» в 30–40 четвертей земли. О том, что такие случаи имели распространение и впоследствии свидетельствует обнаруженный факт верстания поместными и денежными окладами 40 короченских казаков в 1644 г.