Поначалу он выбрал в опричнину ровно одну тысячу человек из людей разного звания, а для содержания их и своего двора выделил свыше 20 городов и несколько улиц в Москве. Остальная часть государства составила Земщину, управление которой царь поручил боярской думе во главе с князьями Мстиславским и Вельским. Поселившись в Александровской слободе, Иван стал вести странный образ жизни. Он устроил там как бы «монастырь наоборот», в котором сам играл роль игумена, князь Афанасий Вяземский — келаря, Григорий Вельский (Малюта) — пономаря. 300 же опричников из тысячи составили монашескую братию, они носили поверх своего платья черные рясы, а на головах — тафьи. Утром и вечером царь и 300 монахов-воинов истово молились. День Иван посвящал, в основном, пыткам и казням.
Какая-либо «самодеятельность» в опричном терроре была исключена. От начала и до конца мобильные подразделения этих палачей действовали только на основании прямых приказов царя. По этому поводу крупнейший российский исследователь опричнины Р.Г. Скрынников пишет:
«Как свидетельствуют очевидцы, царь Иван давал опричникам письменные приказы о расправе с опальными, с указанием способа казни ит.д.
В свою очередь, опричники подавали царю отчеты об исполнении его приказов, с указанием обстоятельств и места казни»
Когда царь перешел от казней отдельных лиц к массовому террору, он, обоснованно опасаясь выступлений оппозиции, увеличил опричное войско до шести тысяч человек. Теперь в опричнину брали худородных дворян, «не знавшихся с боярами», «нищих косолапых мужиков» и даже «скверных людей».
Начало широкомасштабному террору положило расследование о сторонниках князя Курбского (бежавшего в Литву в апреле 1564 г.), якобы «умышлявших с ним всякие лихие дела». Первыми были казнены (обезглавлены) по этому делу князь Александр Горбатов-Суз-дальский (Шуйский) с сыном-подростком Петром и его родственники — князья Ховрины, Иван Сухой-Кашин, Дмитрий Шевырев, Петр Горенский-Оболенский, а также окольничий Петр Головин. Затем были казнены князья Иван Куракин иДмитрий Немой.
Следующим политическим делом стало расследование о пресловутой «литовской измене». Приближенные царя распространили
выдумку, согласно которой великий князь Сигизмунд-Август якобы направил письма ряду московских бояр с приглашением уехать в Литву.
Главой «заговора» в пользуЛитвы Иван назвал старого боярина, своего конюшего Ивана Петровича Федорова-Челяднина. Его убили вместе с женой 11 сентября 1568 г. Вот как описал эту расправу немец-опричник Е?нрих Штаден:
«В Москве он был убит и брошен у речки Неглинной в навозную яму. А великий князь вместе со своими опричниками поехал и пожег по всей стране все вотчины, принадлежавшие упомянутому Ивану Петровичу. Села вместе с церквами и всем, что в них было, с иконами и церковными украшениями — были спалены. Женщин и девушек раздевали до нага и в таком виде заставляли ловить по полю кур».
Р.Г. Скрынников приводит свидетельства документов:
«Меньшая часть боярских людей была посечена саблями; прочих холопов и челядь опричники сгоняли в избы и взрывали на воздух порохом... / всего, согласно отчету опричников, они убили 369 человек/. Вслед за тем опричники палили боярские амбары, секли скот, спускали воду из прудов, грабили крестьян».
Затем казнили «соумышленников» Челяднина — князей Куракиных-Булгаковых, Ряполовских, трех князей Ростовских, князей ГЦенятева и Турунтая-Пронского (всех их засекли батогами до смерти), государева казначея Тютина (был изрублен вместе с женой и малолетними сыновьями, а их тела оставлены на площади). Всего по «делу» Федорова было казнено свыше 400 человек!
Всех оговоренных казнили без суда. Как правило, следствие проводилось в глубокой тайне, смертные приговоры выносились заочно, осужденных убивали в собственныхдомах, на улицах и даже в церквях.