В Клину, кроме местных жителей, были убиты 470 переяславских купцов и посадских людей с семьями, которые приехали туда по пути в Москву, куда по приказу царя переселяли жителей других городов, чтобы восполнить убыль населения после эпидемии чумы. А их за что?!
В Новгороде опричники и другие царские «ратники» учинили по приказу Иванажесточайшую расправу над боярами, духовенством, купцами и ремесленниками. Вот что пишет Нечволодвв:
«2 января 1570 года передний царский отряд подошел к Новгороду и окружил его со всех сторон, чтобы никто не мог бежать. Затем начались страшные пытки, казни и убийства.
Множество священнослужителей было поставлено на так называемый правеж — взыскание, накладываемое на неисправных должников. Сам Иоанн со старшим сыном расположился на Городище.101
Игуменов и монахов, стоявших на правеже, он приказал избить до смерти палками и разнести по монастырям для погребения. Прибыв в воскресенье в кремль у Святой Софии, чтобы отслушать обедню, царь отстранил протянутый ему владыкой крест и грозно сказал Пимену:«Ты, злочестивый, держишь в руке не крест, а оружие, и этим оружием хочешь уязвить наше сердце со своими единомышленниками, здешними горожанами, хочешь нашу отчину, этот великий богоспасаемый Новгород, предать иноплеменникам, Литовскому королю Сигизмунду-Августу. С этих пор ты не пастырь и не учитель, но волк, хищник, изменник нашей царской багряницы и венцу досадитель».
После обедни, во время стола в архиерейском доме, Пимен по приказу Иоанна был взят отдан под стражу, а все его имущество взято в казну. Затем начался суд над новгородцами под непосредственным надзором самого царя. Их по очереди приводили к нему, пытали, жгли какой-то, по словам летописца, «составною мудростью огненной — поджаром», а затем лишалижизни, сбрасывая в воду вместе с женами и детьми. Боярские дети и стрельцы ездили в лодках по Волхову и кололи рогатинами и копьями всех всплывающих, чтобы никто не мог спастись...
Вслед за этими казнями Иоанн приказал предать полному разгрому все местности вокруг города, причем уничтожалось не только имущество, но также и домашний скот».
Опричники бросали людей в реку Волхов связанными, при этом малых детей они привязывали к матерям (несмотря на суровую зиму, Волхов в черте города не замерз). Дознание «об измене» велось пытками. Избивали не только подозреваемых, но и членов их семей. Опричники допрашивали архиепископских бояр, служилых людей, детей боярских, купцов. Погибли около 200 бояр и детей боярских, большое количество людей низших сословий.
Затем опричники разграбили все монастыри (новгородская летопись сообщает о 27 монастырях, в которых они по приказу царя не только ограбили казну и кельи, но также сожгли запасы хлеба, зарезали всех лошадей и домашнюю скотину), разгромили посад. Горожан, пытавшихся защитить свои семьи и имущество, убивали на месте. Нищих по приказу царя выгнали в мороз за ворота города, где они замерзли. Были казнены не менее 500 пленных литвинов и ссыльных жителей Полоцка.