В ответ на эти обвинения заместитель начальника Главного штаба погранвойск России генерал-майор А. Баранов заявил: «Такого рода утверждения беспочвенны… Мы уже говорили и вновь обращаем внимание на то, что практически с первых дней вступления в силу Соглашения оппозиция нарушала и продолжает нарушать достигнутые договоренности. Имеют место факты обстрелов пограничных застав, нарядов российских, казахских и киргизских пограничных войск из различных видов оружия. Минуя пункты пропуска, вооруженные группы неоднократно предпринимали попытки прорыва через таджикско-афганскую границу как с одной, так и с другой стороны, применяя при этом оружие. Обстановка в регионе продолжает оставаться напряженной и в настоящее время, по полученным данным, вооруженные группы Движения исламского возрождения Таджикистана, находящиеся на территории Горного Бадахшана, готовы к вооруженным акциям против российских пограничников. Только в районе Калаихумбского отряда на территории Афганистана сосредоточено до 400 боевиков».
Начало 1995 года показало, что ни экономическая и политическая ситуация в самом Таджикистане, ни ситуация на таджикско-афганской границе не претерпели каких-либо существенных изменений к лучшему.
Лишь наличие достаточно мощной группировки российских войск позволяло удерживать ситуацию. Война продолжалась.
В 1995 году военно-политическая обстановка в Таджикистане не претерпела существенных изменений. В течение всего года продолжались попытки проникновения на территорию республики из Афганистана отдельных групп боевиков или более крупных отрядов, обстрелы застав и пограничных постов с сопредельной территории и т. д.
В 1994–1995 годах на таджикско-афганской границе было задержано 799 нарушителей, предотвращено 582 попытки прорыва боевиков, которые 260 раз перерастали в боевые столкновения Около 700 раз российские пограничники подвергались обстрелам Были предотвращены попытки контрабанды значительного количества вооружений, в том числе 127 орудий и минометов, 100 гранатометов, 290 единиц стрелкового оружия, боеприпасы и т. д.
Однако дважды в течение года военная обстановка существенно осложнялась и боевые действия приобретали широкомасштабный характер. Так, в начале апреля существенно обострилась обстановка в Бадахшане Это было вызвано тем, что еще в октябре 1994 года Душанбе в нарушение соглашения о временном прекращении огня ввел в Калаихумбский район батальон правительственных войск. Этот батальон решил навести порядок в селе Дашти-Язгулем, в зоне, контролируемой силами самообороны Бадахшана. Отряд самообороны под командованием полевого командира Зайниддина отбил наступление и предпринял контратаку, в результате которой батальон с большими потерями отошел к селу Хихик. В этих боях погибли 24 таджикских и казахских военнослужащих.
В середине октября существенно обострилась обстановка в Тавильдаринском районе в результате начавшихся широкомасштабных действий правительственных сил. 22 октября правительственные войска предприняли попытку силой отбить в Тавильдаре 57 военнослужащих, взятых в плен оппозицией 14 октября. В этих боях участвовало свыше 500 солдат, 10 единиц бронетехники, которых поддерживала авиация, бомбившая несколько селений. Правительственным силам противостояли около полутора тысяч боевиков. 9 ноября в Тавильдару был сброшен десант из 50 человек, который был почти полностью уничтожен. 8 и 9 ноября военная авиация бомбила расположения отрядов оппозиции в Гармском районе, а 10 ноября около 100 солдат и офицеров сдались в плен командиру одного из оппозиционных отрядов М. Низомову.
21 ноября правительственные силы вновь предприняли наступление на Тавильдару. В нем участвовали около 500 солдат и офицеров, а также 21 танк и другая бронетехника.
Военно-политическую обстановку в Таджикистане существенно осложнили все обостряющиеся противоречия внутри правящей коалиции. Эти противоречия вылились в вооруженные столкновения между бывшими «народофронтовцами», начавшиеся в начале сентября в Хотлонской области. Кульминацией этих событий стали бои 17 сентября между 1-й и 11-й бригадами Минобороны Таджикистана, сформированными в 1993 году на базе отрядов «Народного фронта».
1-й бригаде при поддержке танков и артиллерии удалось ворваться на территорию военного городка 11-й бригады, после чего командир последней У. Мурчаев бежал в один из окрестных кишлаков. Власти Таджикистана были вынуждены принять решение о расформировании обеих бригад и создании на их базе одной.