Крайне сложной продолжала оставаться криминогенная обстановка, в том числе и связанная с наркотиками За 1995 год российскими пограничниками было обнаружено и изъято при досмотрах свыше 2 тонн наркотического сырья, 70 % которого составлял опий-сырец. В 1995 году пограничниками было уничтожено 1700 кг наркотиков. В процессе проведения крупномасштабных операций в начале 1996 года в зоне Хорогского погранотряда было изъято 250 кг наркотиков, а Каланхумбского погранотряда — 40 кг опия-сырца. Всего же за 1995 — первую половину 1996 года изъято и уничтожено 4,5 тонны наркотических веществ
Все это вынудило власти усилить борьбу с преступностью В конце октября — начале ноября была проведена широкомасштабная операция по чистке банковских структур, в результате которой было арестовано 30 работников таджикских коммерческих банков и коррумпированных чиновников государственных финансовых ведомств В ходе кампании по борьбе с преступностью была проведена чистка внутри МВД, в результате чего было арестовано свыше 20 сотрудников милиции, десятки уволены. По сообщению шефа МВД С. Мухурова, во втором полугодии было обезврежено несколько бандформирований. Среди последних называлась банда одного из бывших командиров «Народного фронта», депутата таджикского парламента X. Каримова, арестованного в начале ноября. Во время обыска в доме последнего были изъяты 10 автомашин (в том числе 5 новых «КамАЗов»), огромное количество автоматического, противотанкового и другого оружия и боеприпасов к нему, а также 300 млн российских рублей и 800 тыс. долларов.
В крайне плачевном состоянии находилась таджикская экономика. Ситуация осложнялась действиями Узбекистана, который 28 июля прекратил подачу газа в южные районы, мотивируя это задержкой выплат таджикистанского долга, достигшего 146 млн долларов. В результате оказался парализован ряд крупных предприятий, в том числе Яванский химический и Вахшский азотно-туковый заводы.
В южных горных районах фактически начался голод. Экономическая ситуация усугублялась катастрофической эпидемиологической обстановкой, развитием дифтерии, в результате которой тысячи людей заболели и сотни умерли.
В середине июля Э. Рахмонов и лидер объединенной оппозиции С.А. Нури встретились в Тегеране. В ходе бесед обсуждались проблемы включения оппозиции в конституционный процесс, прекращения вооруженного противостояния и возвращения беженцев из Афганистана. Уделялось большое внимание и роли войск СНГ, которые охраняют таджикско-афганскую границу. В результате переговоров 17 августа был подписан протокол «Об основных принципах установления мира и национального согласия в Таджикистане».
30 ноября после более чем двухмесячных проволочек в Ашхабаде состоялось открытие очередного раунда межтаджикских переговоров. В процессе последовавших консультаций оппозиция предложила направить в Тавильдару специальную комиссию, однако глава правительственной делегации Таджикистана М. Убай-дуллоев заявил, что никаких военных операций власти не проводят, что «в Таджикистане вообще нет никакой войны» Одновременно правительство активизировало боевые действия, в том числе в районе Куляба и Шуроабада с целью достижения военного преимущества и получения возможности давления на делегацию объединенной таджикской оппозиции.
Только в конце 1996 года начались переговоры, которые стали приносить конкретные результаты. Серьезные военные неудачи и усиление внутренней оппозиции заставили правительство Э. Рахмонова активизировать усилия в деле достижения политического урегулирования, на котором настаивал и Иран. И декабря на встрече в афганском городе Талукан были выработаны основные положения соглашения о политическом урегулировании, а 24 декабря 1996 года в Москве Эмомали Рахмонов, Сайд Абдулло Нури и специальный представитель Генерального секретаря ООН Герд Дитрих Меррем подписали политическое соглашение и протокол к нему. «Объединенная таджикская оппозиция» признала существующий политический и государственный строй Таджикистана, а также статус Э. Рахмонова в качестве президента На пропорциональных началах была образована Комиссия национального примирения, которая действовала в течение полуторагодичного переходного периода Объем ее функций включал возвращение беженцев и реорганизацию государственного аппарата.
Урегулирование конфликтной ситуации в Таджикистане стало основной темой встречи в Бишкеке Э. Рахмонова, лидера «объединенной таджикской оппозиции» С.Л. Нури и представителя Генерального секретаря ООН по Таджикистану Г. Меррема, состоявшейся 16—18мая 1997 года. Тогда была достигнута договоренность о размещении в Душанбе контингента вооруженных формирований оппозиции численностью 460 человек, а также 40 человек для охраны членов Комиссии по национальному примирению.