В ноябре 1998 года началась ротация миротворцев в зоне грузино-абхазского конфликта. Воинский контингент 433-го мотострелкового полка 27-й гвардейской мотострелковой дивизии под командованием подполковника Дмитрия Коваленко отправился в зону грузино-абхазского конфликта для выполнения миротворческих задач. В этой «горячей точке» военнослужащие соединения несли службу с мая 1995 года. Здесь побывали более трех с половиной тысяч воинов-миротворцев, многие из которых отмечены боевыми наградами. В конце 2005 года часть сменил батальон российской 15-й отдельной миротворческой бригады.
Надо отметить, что в течение пяти лет после завершения конфликта Абхазия существовала в условиях фактической блокады со стороны как Грузии, так и России. Затем, однако (особенно с приходом к власти Владимира Путина), Россия, вопреки решению саммита СНГ, запрещающему любые контакты с сепаратистами, начала постепенно восстанавливать трансграничные хозяйственные и транспортные связи с Абхазией. Российские власти утверждали, что все контакты между Россией и Абхазией осуществлялись на частном, негосударственном уровне. Грузинское руководство считало предпринимаемые со стороны России действия «попустительством сепаратистскому режиму». «Существенной поддержкой сепаратистского режима», по мнению Грузии, была выплата населению российских пенсий и пособий, ставшая возможной после предоставления российского гражданства значительной части (более 90 %) населения Абхазии в рамках обмена советских паспортов.
В начале сентября 2004 года возобновилось прерванное в 1992 году железнодорожное движение по маршруту Сухуми — Москва. Для восстановления дороги в Абхазию из Ростова-на-Дону была доставлена специальная техника, в том числе три вагона шпал. Было восстановлено 105 км железнодорожного полотна, более 10 км тоннелей.
В конце сентября 2004 года было установлено регулярное автобусное сообщение между Сочи и Сухуми. При этом российско-грузинская граница на Военно-Грузинской дороге была, наоборот, на некоторое время закрыта после теракта в Беслане.
Приход к власти М. Саакашвили в 2004 году означал нарастание напряженности. Саакашвили не скрывал своих авантюристических замыслов и постоянно подчеркивал, что регион «находится под контролем российских генералов и открыт для другой незаконной деятельности».
Надо отметить, что единственным районом Абхазии, который контролировала Грузия (до августа 2008 года), являлось Кодорское ущелье. Это ущелье составляет треть территории Абхазии. Во время грузино-абхазского конфликта 1992–1993 годов здесь были сформированы отряды сванского ополчения, воевавшие на стороне Грузии против абхазов. Наиболее влиятельным полевым командиром был Эмзар Квициани, возглавлявший отряд «Монадире». Во многом благодаря ему абхазы не смогли установить контроль над территорией ущелья.
По условиям мирных соглашений, подписанных в 1993 году, территория Кодорского ущелья, представлявшая собой удобный плацдарм для нападения на Абхазию, находилась под постоянным контролем миротворческих сил и миссии ООН по наблюдению в Грузии.
Местные полевые командиры признали юрисдикцию грузинского правительства лишь формально Фактически же Кодорское ущелье превратилось в неконтролируемую территорию Отряд «Монадире», охранявший линию разделения Грузии и Абхазии, с 1998 года считался батальоном вооруженных сил Грузии, но фактически подчинялся лично Квициани. С именем Квициани связывали периодические похищения в Кодорском ущелье сотрудников миссии ООН и высокопоставленных грузинских чиновников, происходившие в 1996–1999 годах, пока Квициани не был назначен уполномоченным грузинского президента в этом регионе.
В 2001 году через территорию Кодорского ущелья при содействии Квициани была предпринята неудавшаяся попытка вторжения в Абхазию отряда чеченских боевиков под руководством Руслана Гелаева. Позднее местные жители-сваны заключили соглашение с абхазами о ненападении и недопущении в зону верхней части Код ори вооруженных формирований, а за это сваны получали содействие абхазских властей в экономической и социальной сфере.
В 2003 году, во время «революции роз» в Грузии, Квициани поддержал Эдуарда Шеварднадзе, в связи с чем в декабре 2004 года он был снят со своего поста, а в апреле 2005 года министр обороны Грузии Ираклий Окруашвили подписал распоряжение о расформировании его отряда, которое, однако, не было выполнено.
22 июля 2006 года Квициани поднял мятеж против грузинского правительства, потребовав отставки руководителей силовых ведомств. 25 июля в нарушение Да-гомысских соглашений 1993 года в Кодорское ущелье были введены грузинские войска. В Грузии было объявлено, что сам Квициани и остатки его отряда укрылись на территории России.