27 июля Саакашвили объявил о завершении операции в Код ори, после чего заявил о том, что в ущелье переедут правительство и парламент Абхазии в изгнании, находившиеся с 1993 года в Тбилиси. Лидер Абхазии Сергей Багапш заявил, что если это произойдет, то Абхазия не только выйдет из всех переговоров с Грузией, но и «оставляет за собой право не допустить размещения в ущелье марионеточного правительства».
31 июля посетивший Тбилиси заместитель госсекретаря США по странам Европы и Евразии Мэтью Брайза после переговоров с грузинским руководством назвал «законной» проведенную спецоперацию в Кодорском ущелье, которая, по его мнению, направлена «против криминальных элементов с целью защиты прав и интересов граждан Грузии». Брайза заверил, что США поддерживают действия грузинских властей.
31 июля в Абхазии появились первые представители северокавказских республик России (некоторые из которых участвовали в грузино-абхазском конфликте 1992–1993 гг.), предложившие абхазским руководителям помощь из Адыгеи, Кабардино-Балкарии и Карачаево-Черкесии, чтобы защитить в Абхазии интересы России. Президент Абхазии Сергей Багапш, встретившись с ними, попросил не «создавать неразбериху и не мешать профессиональным военным». По его словам, за последний год Абхазия хорошо подготовилась в военном плане, чтобы самостоятельно организовать свою оборону. По его мнению, само по себе Кодорское ущелье опасности для Абхазии не представляет — грузинская армия не сможет пройти через Кодорское ущелье, несмотря на всю его стратегическую важность, потому что оно не приспособлено для проезда военной техники. Багапш заявил, что абхазское руководство больше всего беспокоит ситуация в Гальском районе (населенном преимущественно грузинами-мегрелами) и возможность нападения с моря. В то же время размещение в Кодорском ущелье абхазского правительства в изгнании воспринималось как политическая угроза, способная помешать потенциальному международному признанию независимой Абхазии.
В Министерстве обороны Абхазии полагали, что группировка войск в ущелье наращивалась Грузией не для войны, а для того, чтобы охранять правительство в изгнании и готовить плацдарм — по данным абхазов, в ущелье размещаются подразделения инженерных войск, связисты, разведчики. Тем временем Абхазия усилила свою военную группировку у входа в ущелье Был произведен призыв резервистов.
2 августа была завершена переброска в Кодорское ущелье многих членов правительства и парламента Абхазии в изгнании. В связи с требованием Тбилиси допустить к переговорам с Сухуми представителей «законного правительства Абхазской автономной республики» грузино-абхазские переговоры оказались сорваны. Абхазская сторона заявила, что ни при каких обстоятельствах не сядет за стол переговоров, если за тем же столом окажутся представители «автономистов».
Как заявил премьер-министр Грузии Зураб Ногаидели, правительство «Абхазской автономной республики» разместится в селе Чхалта (последнее грузинское село Кодорского ущелья перед постами российских миротворцев, разделяющими грузинские и абхазские формирования), а «Верховный совет Абхазской автономной республики» — в селе Ажара (административный центр Кодорского ущелья).
13 октября 2006 года Совет Безопасности ООН единогласно одобрил новый проект резолюции по Грузии, внесенный Россией. В резолюции содержалось осуждение Грузии за нагнетание ситуации в Кодорском ущелье и призыв к исполнению всех международных договоренностей. Резолюция также предусматривала продление до 15 апреля 2007 года мандата военных наблюдателей ООН в зоне грузино-абхазского конфликта и содержала призыв к грузинской стороне соблюдать, в том числе в Кодорском ущелье, положения Московского соглашения 1994 года В начале октября Москва дважды вносила проекты резолюции по Грузии, но из-за сопротивления со стороны США они так и не были приняты. Ранее России удалось убедить ООН в необходимости возобновить патрулирование верхней части Кодорского ущелья, прерванное еще летом 2003 года, причем с участием российских миротворцев, против чего активно возражала грузинская сторона.
11 марта 2007 года марионеточное «абхазское правительство в изгнании» обвинило российских миротворцев в том, что они совместно с вооруженными формированиями Абхазии минируют переходы из Гальского района Абхазии в Зугдидский район Грузии — по их словам, это делается для того, чтобы обеспечить явку грузинского населения Гальского района на повторные выборы в парламент Республики Абхазия.
В ночь на 12 марта верхняя часть Кодорского ущелья — села Чхалта, Ажара и Генцвиши — подверглись обстрелу. Грузинская сторона сразу же поставила в известность о случившемся командование российских миротворцев и представителей миссии военных наблюдателей ООН. Министерство обороны Грузии перевело вооруженные силы страны на казарменное положение. В повышенную готовность были приведены подразделения МВД Грузии. Ночью из Тбилиси на базу в Сенат (запад Грузии) началась переброска боевых вертолетов.